| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,571,116 | C→T | E153E (GAG→GAA) | yjiR ← | fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,571,116 | 0 | C | T | 98.5% | 224.3 / NA | 66 | E153E (GAG→GAA) | yjiR | fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (28/37); total (29/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTGGCACCAGAATGATGCCTTTAATCGGCCACTGTTCCAGCGCCAGTTCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAA‑CAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGCTGGGCTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCG > NC_000913/4570828‑4571402 | gTTTGGCACCAGAATGATGCCTTTAATCGGCCACTGTTCCAGCGCCAGTTCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTTGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGTTCTCGCAATAc < 2:55008/300‑1 (MQ=255)gTTTGGCACCAGAATGATGCCTTTAATCGGCCACTGTTCCAGCGCCAGTTCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGTTCTCGCAATAc > 1:590647/1‑300 (MQ=255) tttGGCACCAGAATGATGCCTTTAATCGGCCACTGTTCCAGCGCCAGTTCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCAGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGTTCTCACAATACt > 2:307256/1‑300 (MQ=255) ccAGAATGATGCCTTTAATCGTCCACTGTTCCAGCGCCAGTTCCAGCGCTTCAACGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGTTCTCGCAATACTCGCTGAc < 2:535976/300‑1 (MQ=255) 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cGCTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGTTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAA‑CAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGc < 1:451602/300‑1 (MQ=255) cTGATGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGTTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGTTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAA‑CAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCtt < 1:7156/300‑1 (MQ=255) tGCCAGTTTCTGGATCGGTTGGGATTTCAATCACTTTCACGCCCATGCCGCGCAGCATCTGCATCGAACCGTAATAACAGGGGGATTCGACCGCGACAATATCGCCCGGNTTACACACTGCCATTAACGCCAGCGACATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGTTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAA‑CAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCt < 1:482383/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |