| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,915,731 | G→A | A81V (GCC→GTC) | atpC ← | ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,915,731 | 0 | G | A | 99.0% | 349.4 / NA | 103 | A81V (GCC→GTC) | atpC | ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (37/65); minor base C (1/0); total (38/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTT‑TGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTACCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGTCCAGGTGGTAAGTCATTGCCATATCACCCTCCGATTAAGG > NC_000913/3915436‑3915990 | gAAAACAGGTGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTGACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTT‑TGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAg < 1:578445/300‑1 (MQ=255) aaCAGTGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCNCACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTT‑TGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCNTCCATGGCTCGCGCTTCGTCTAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAGAAc < 2:654545/300‑1 (MQ=255) aaCAGTGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTT‑TGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAGAAc < 1:671807/300‑1 (MQ=255) aaCAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCNAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTT‑TGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAGAAc < 2:616205/300‑1 (MQ=255) 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ggCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTACCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGTCCAGGTGGTAAGTCATTGCCATATCACCCTCCGATTa > 1:577727/1‑300 (MQ=255) gCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTACCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGTCCAGGTGGTAAGTCATTGCCATATCACCCTCCGATTaa > 1:333206/1‑300 (MQ=255) tCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTACCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGTCCAGGTGGTAAGTCATTGCCATATCACCCTCCGATTAAgg < 1:601155/300‑1 (MQ=255) | GAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTT‑TGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTACCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGTCCAGGTGGTAAGTCATTGCCATATCACCCTCCGATTAAGG > NC_000913/3915436‑3915990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |