| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,778,752 | C→T | L452L (CTG→TTG) | lldP → | lactate/glycolate:H(+) symporter LldP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,778,752 | 0 | C | T | 99.0% | 303.4 / NA | 95 | L452L (CTG→TTG) | lldP | lactate/glycolate:H(+) symporter LldP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (43/51); minor base G (0/1); total (43/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTCAGCGAGGCTACAGCCTATGCCGCCGTGTTTAAGTTTGACTGGTTCTCTGCCACCGGCACCGCCATTCTGTTTGCTGCACTGCTCTCGATTGTCTGGCTGAAGATGAAACCGTCTGACGCTATCAGCACCTTCGGCAGCACGCTGAAAGAACTGGCTCTGCCCATCTACTCCATCGGTATGGTGCTGGCATTCGCCTTTATTTCGAACTATTCCGGACTGTCATCAACACTGGCGCTGGCACTGGCGCACACCGGTCATGCATTCACCTTCTTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAGGCTTATGTCTTAACG > NC_000913/3778457‑3779039 | ggTCAGCGAGGCTACAGCCTATGCCGCCGTGTTTAAGTTTGACTGGTTCTCTGCCACCGGCACCGCCATTCTGTTTGCTGCACTGCTCTCGATTGTCTGGCTGAAGATGAAACCGTCTGACGCTATCAGCATCTTCGGCAGCACGCTGAAAGAACTGGCTCTGCCCATCTACTCCATCGGTATGGTGCTGGCATTCGCCTTTATTTCGAACTATTCCGGACTGTCATCAACACTGGCGCTGGCACTGGCGCACACCGGTCATGCATTCACCTTCTTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGTTggg > 1:565446/1‑300 (MQ=255) 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ttCCTCGGCTGGTTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTNGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGTTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAGGCTTATGTCTTAACg < 1:471264/300‑1 (MQ=255) | GGTCAGCGAGGCTACAGCCTATGCCGCCGTGTTTAAGTTTGACTGGTTCTCTGCCACCGGCACCGCCATTCTGTTTGCTGCACTGCTCTCGATTGTCTGGCTGAAGATGAAACCGTCTGACGCTATCAGCACCTTCGGCAGCACGCTGAAAGAACTGGCTCTGCCCATCTACTCCATCGGTATGGTGCTGGCATTCGCCTTTATTTCGAACTATTCCGGACTGTCATCAACACTGGCGCTGGCACTGGCGCACACCGGTCATGCATTCACCTTCTTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAGGCTTATGTCTTAACG > NC_000913/3778457‑3779039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |