| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,739,921 | C→T | P73S (CCA→TCA) | avtA → | valine‑‑pyruvate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,739,921 | 0 | C | T | 99.1% | 392.6 / NA | 115 | P73S (CCA→TCA) | avtA | valine‑‑pyruvate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (69/45); minor base G (0/1); total (69/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGATATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGACGGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCGGCGCAGATCCCGGAAATGCAGGACTACTTCCAGACGCTACTGACCGACATGCTGGAAAGTGGCAAAGCGACTGATGCACTGTGTAACTACGACGGTCCACAGGGGAAAACGGAGCTACTCACACTGCTTGCCGGAATGCTGCGCGAGAAGTTGGGTTGGGATATCGAACCACAGAATATTGCACTAACAAACGGCAGCCAGAGCGCGTTTTTCTACTTATTTAACCTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACATTGGCTATGCTGACGCCGGACTGGAAGAAGATCTGTTTGTCTCTGCGCGTCCGAATATTGAACTGCTGCCGGAAGGCCAGTTTAAATACCAC > NC_000913/3739628‑3740208 | aaCAGACCGATTTACACCCCAACAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTANAGAGTTCGACAGATATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGTTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGACGGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCGGCGCAGATCCCGTAAATGCAGGACTACTTCCAGACGCTACTGACCGNCATGCTGGAAAGTGGCAAAGCGACTGATGCACTGTGTAACTACGACGGTTCACAgg < 2:657909/300‑1 (MQ=255) 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tgtAACTACGACGGTTCACAGGGGAAAACGGAGCTACTCACACTGCTTGCCGGAATGCTGCGCGAGAAGTTGGGTTGGGATATCGAACCACAGAATATTGCACTAACAAACGGCAGCCAGAGCGCGTTTTTCTACTTATTTAACCTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACATTGGCTATGCTGACGCCGGACTGGAAGAAGATCTGTTTGTTTCTGCGCGTCCGAATATTGAACTGCTGCCGGAAGGCCAGTTTAAATAc < 1:642061/300‑1 (MQ=255) tgtAACTACGACGGTGCACAGGGGAAAACGGAGCTACTCACACTGCTTGCCGGAATGCTGCGCTAGAAGTTGGGTTGGGATATCGAACCACAGAATATTGCACTAACAAACGGCAGCCAGAGCGCGTTTTTCTACTTATTTAACCTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACATTGGCTATGCTGACGCCGGACTGGAAGAAGATCTGTTTGTTTCTGCGCGTCCGAATATTGAACTGCTGCCGGAAGGCCAGTTTAAATAc < 1:162008/300‑1 (MQ=255) aaCTACGACGGTTCACAGGGGAAAACGGAGCTACTCACACTGCTTGCCGGAATGCTGCGCGAGAAGTTGGGTTGGGATATCGAACCACAGAATATTGCACTAACAAACGGCAGCCAGAGCGCGTTTTTCTACTTATTTAACCTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACATTGGCTATGCTGACGCCGGACTGGAAGAAGATCTGTTTGTTTCTGCGCGTCCGAATATTGAACTGCTGCCGGAAGGCCAGTTTAAATACCAc > 1:515170/1‑300 (MQ=255) | AACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGATATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGACGGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCGGCGCAGATCCCGGAAATGCAGGACTACTTCCAGACGCTACTGACCGACATGCTGGAAAGTGGCAAAGCGACTGATGCACTGTGTAACTACGACGGTCCACAGGGGAAAACGGAGCTACTCACACTGCTTGCCGGAATGCTGCGCGAGAAGTTGGGTTGGGATATCGAACCACAGAATATTGCACTAACAAACGGCAGCCAGAGCGCGTTTTTCTACTTATTTAACCTGTTTGCCGGACGCCGTGCCGATGGTCGGGTCAAAAAAGTGCTGTTCCCGCTTGCACCGGAATACATTGGCTATGCTGACGCCGGACTGGAAGAAGATCTGTTTGTCTCTGCGCGTCCGAATATTGAACTGCTGCCGGAAGGCCAGTTTAAATACCAC > NC_000913/3739628‑3740208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |