Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,655,280 | C→T | G208E (GGG→GAG) | yhiD ← | inner membrane protein YhiD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,655,280 | 0 | C | T | 99.3% | 475.6 / NA | 137 | G208E (GGG→GAG) | yhiD | inner membrane protein YhiD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (76/60); total (77/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CATCAATGGCAGTTACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAAC > NC_000913/3654985‑3655575 | catcaATGGCAGTTACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCTCTGc < 1:320949/300‑1 (MQ=255) 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ggCAGTTACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCTCTGCCATACCt > 1:587983/1‑300 (MQ=255) aGTTACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCTCTGCCATACCtttt > 1:537414/1‑300 (MQ=255) aGTTACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTAATGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCTCTGCCATACCtttt > 1:636559/1‑300 (MQ=255) gTTACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTCAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCTCTGCCATACCTTTta > 1:679669/1‑300 (MQ=255) ttACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACNCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCTCTGCCATACNTTTtaa > 2:574656/1‑300 (MQ=255) gCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCTCTGCCATACCTTTTAATAATc > 1:204745/1‑300 (MQ=255) 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gtgtCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAACATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCTCTGCCATACCTTTTAATAAGCGCAACAGGTCTTCTATCGAc < 1:422413/300‑1 (MQ=255) tgtCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATGAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAANCGCCTTTCACCTCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACg > 2:509883/1‑300 (MQ=255) tttCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGTAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCTCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTgg < 1:175550/300‑1 (MQ=255) 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ccTTTCACCTCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTNTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCa > 1:489395/1‑300 (MQ=255) tttCACCTCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCACTGCCAAt > 2:103314/1‑300 (MQ=255) cACCTCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAAc < 1:258045/300‑1 (MQ=255) | CATCAATGGCAGTTACTGCTCTGTGCCTGAAGCGGCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGGAAGGTTAATTGATGGAAGACTTCCAGCACCAACAAGGTCATCACTGAACCATAAATACCCAGTTCGTACATACCGCTGCCAATAAC > NC_000913/3654985‑3655575 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |