| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,613,891 | C→T | S75S (AGC→AGT) | nikA → | Ni(2(+)) ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,613,891 | 0 | C | T | 99.1% | 350.9 / NA | 105 | S75S (AGC→AGT) | nikA | Ni(2(+)) ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (57/47); total (58/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTGGACTCATTCAGAAGATGGTAAAACCTGGACCTTCACCCTGCGTGATGACGTGAAATTCTCCAACGGTGAACCGTTCGATGCCGAGGCGGCGGCAGAAAACTTCCGCGCAGTGCTCGATAACCGTCAACGTCACGCCTGGCTGGAGCTGGCAAACCAGATTGTTGATGTTAAAGCACTCAGTAAAACAGAGCTGCAAATTACCCTGAAAAGCGCCTACTATCCTTTCCTGCAAGAACTGGCCCTGCCCCGTCCTTTCCGTTTTATCGCTCCCTCGCAGTTTAAAAACCA > NC_000913/3613597‑3614181 | aaTCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGTTGGAc > 1:144958/1‑300 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ggctggcAAAAAGTTGGACTCATTCAGAAGATGGTAAAACCTGGACCTTCACCCTGCGTGATGACGTGAAATTCTCCAACGGTGAACCGTTCGATGCCGAGGCGGCGGCAGAAAACTTCCGCGCAGTGCTCGATAACCGTCAACGTCACGCCTGGCTGGAGCTGGCAAACCAGATTGTTGATGTTAAAGCACTCAGTAAAACAGAGCTGCAAATTACCCTGAAAAGCGCCTACTATCCTTTCCTGCAAGAACTGGCCCTGCCCCGTCCTTTCCGTTTTATCGCTCCCTCGCAGTTTaaaa > 1:82300/1‑300 (MQ=255) ctggcAAAAAGTTGGACTCATTCAGAAGATGGTAAAACCTGGACCTTCACCCTGCGTGATGACGTGAAATTCTCCAACGGTGAACCGTTCGATGCCGAGGCGGCGGCAGAAAACTTCCGCGCAGTGCTCGATAACCGTCAACGTCACGCCTGGCTGGAGCTGGCAAACCAGATTGTTGATGTTAAAGCACTCAGTAAAACAGAGCTGCAAATTACCCTGAAAAGCGCCTACTATCCTTTCCTGCAAGAACTGGCCCTGCCCCGTCCTTTCCGTTTTATCGCTCCCTCGCAGTTTAAaaac < 1:48793/300‑1 (MQ=255) ggcAAAAAGTTGGACTCATTCAGAAGATGGTAAAACCTGGACCTTCACCCTGCGTGATGACGTGAAATTCTCCAACGGTGAACCGTTCGATGCCGAGGCGGCGGCAGAAAACTTCCGCGCAGTGCTCGATAACCGTCAACGTCACGCCTGGCTGGAGCTGGCAAACCAGATTGTTGATGTTAAAGCACTCAGTAAAACAGAGCTGCAAATTACCCTGAAAAGCGCCTACTATCCTTTCCTGCAAGAACTGGCCCTGCCCCGTCCTTTCCGTTTTATCGCTCCCTCGCAGTTTAAaaacca > 1:587385/1‑300 (MQ=255) | AATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTGGACTCATTCAGAAGATGGTAAAACCTGGACCTTCACCCTGCGTGATGACGTGAAATTCTCCAACGGTGAACCGTTCGATGCCGAGGCGGCGGCAGAAAACTTCCGCGCAGTGCTCGATAACCGTCAACGTCACGCCTGGCTGGAGCTGGCAAACCAGATTGTTGATGTTAAAGCACTCAGTAAAACAGAGCTGCAAATTACCCTGAAAAGCGCCTACTATCCTTTCCTGCAAGAACTGGCCCTGCCCCGTCCTTTCCGTTTTATCGCTCCCTCGCAGTTTAAAAACCA > NC_000913/3613597‑3614181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |