| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,549,802 | C→T | G90D (GGC→GAC) | malQ ← | 4‑alpha‑glucanotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,549,802 | 0 | C | T | 97.4% | 260.3 / NA | 78 | G90D (GGC→GAC) | malQ | 4‑alpha‑glucanotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (31/45); total (31/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGGGTTCAGGCCAATGAACGACCCGCCACGTTTTGCCACATCCACCAGCATCGCTTTGAGATCGCCAAAATCCCCAATACCCCAGTTTTTTTCCGATCGCAGCGTATAAAGCTGAACGCAGGCACCCCACAGCTTTTGTTTATTCAGCAACGCCTGCGGTTCGTAACAGCGTTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTG‑GTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGCCTTTGTACTGCGTTCCTTCTTCGGTGGTC‑AGCAGCCAGCTATATTCGCCGCTGCCCTCCACCACCATCGGCATTTTTTTGCCGCTGGTATAAACCATGACATTCGGGACTGGCGTTACCGCCACTTTCGTGGCGGTACGTTGATGCATCGCGTCAAGCAAACGCCGTTTGGTTTCGGCGCTAATCGACTGCGGTTTACCGTGGGCATTGATGTAATTGGGGCTAATCCCCGCCGCCAGCGCGGCATTATCCAGACGTTTGCTTTCCATCGAGCTTCCTTAGCGTTTTGCC > NC_000913/3549511‑3550092 | agcGGGTTCAGGCCAATGAACGACCCGCCACGTTTTGCCACATCCACCAGCATCGCTTTGAGATCGCCAAAATCCCCAATACCCCAGTTTTTTTCCGATCGCAGCGTAGAAAGCTGAACGCAGGCACCCCACNGCTTTTGTTTATTCAGCAACGCCTGCGGTTCGTAACAGCGTTTCGGGGCGACAACCACCCGGCAATGCACGCGCTG‑GTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGTCTTTGTAc < 2:168514/298‑1 (MQ=255)aTCGGGTTCAGGCCAATGAACGACCCGCCACGTTTTGCCACATCCACCAGCATCGCTTTGAGATCGCCAAAATCCCCAATACCCCAGTTTTTTTCCGATCGCAGCGTATNAAGCTGAACGCAGGCACCCCACAGCTTTTGTTTATTCAGCAACGCCTGCGGTTCGTAACAGCGTTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTG‑GTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGTCTTTGTAc < 1:468635/300‑1 (MQ=255)aTCGGGTTCAGGCCAATGAACGACCCGCCACGTTTTGCCACATCCACCAGCATCGCTTTGAGATCGCCAAAATCCCCAATACCCCAGTTTTTTTCCGATCGCAGCGTATAAAGCTGAACGCAGGCACCCCACAGCTTTTGTTTATTCAGCAACGCCTGCGGTTCGTAACAGCGTTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTG‑GTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGTCTTTGTAc > 2:210134/1‑300 (MQ=255)aTCGGGTTCAGGCCAATGAACGACCCGCCACGTTTTGCCACATCCACCAGCATCGCTTTGAGATCGCCAAAATCCCCAATACCCCAGTTTTTTTCCGATCGCAGCGTATAAAGCTGAACGCAGGCACCCCACAGCTTTTGTTTATTCAGCAACGCCTGCGGTTCGTAACAGCGTTTCGGGGCGACAATCACCCGGCAATGCGCGCGCTG‑GTCGTCCTGGGTGAGTGTCAGCGTGTGATAACCTTCCGGCAGCTTCGTCGGTAGATTGAACGCTTTGCCCCCCGTTACATGGTCTTTGTAc < 1:446913/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |