Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,436,697 | G→A | E60E (GAG→GAA) | trkA → | NAD‑binding component of Trk potassium transporters |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,436,697 | 0 | G | A | 99.0% | 331.2 / NA | 95 | E60E (GAG→GAA) | trkA | NAD‑binding component of Trk potassium transporters |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (40/54); minor base C (1/0); total (41/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GAACACCAGAGCAACCGGGTAAACAAAATCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGAACTTCGCTGAGGGTAAAGTCAGCCTGGCTGTGGT > NC_000913/3436411‑3436990 | gAACACCAGAGCAACCGGGGAAACAAAATCTACCTGGTGCCGAAGAGTGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCcgacg < 1:217082/300‑1 (MQ=255) cacCAGAGCAACCGGGTAAACAAAATCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGacgacg > 1:183943/1‑300 (MQ=255) gagCAACCGGGTAAACAAAATCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAANGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCAGat > 2:616672/1‑300 (MQ=255) gagCAACCGGGTAAACAAAATCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGat > 1:7583/1‑300 (MQ=255) gagCAACCGGGTAAACAAAATCTAACTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGat > 2:249052/1‑300 (MQ=255) aaCCGGGTAAACAAAATCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGc < 1:449228/300‑1 (MQ=255) aCCGGGTAAACAAAATCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGTTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCt < 1:235346/300‑1 (MQ=255) ccGGGTAAACAAAATCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTg < 1:181075/300‑1 (MQ=255) aaTCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAAcc < 1:335287/300‑1 (MQ=255) aaTCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCGAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGGAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAAcc < 1:88729/300‑1 (MQ=255) 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tcGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATTAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATgg < 2:228528/299‑1 (MQ=255) gCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCTGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATgg < 1:664997/300‑1 (MQ=255) tcttTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTtgcctgcc < 1:383711/300‑1 (MQ=255) 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agaTAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTaa > 2:530016/1‑300 (MQ=255) agaTAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTaa > 1:193286/1‑300 (MQ=255) gaTAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAAGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAat > 1:593380/1‑300 (MQ=255) 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gCGGGACGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGANCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGCATGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGAACTTCGATGAGGGTAAAGTCAGCCTGGCTGTGGt > 2:615310/1‑300 (MQ=255) | GAACACCAGAGCAACCGGGTAAACAAAATCTACCTGGTGCCGAAGAGGGCGACGGCTTCTTTTACGCTAAGCTAATCAAAAAGTGATGAGATAACGGGTCGCGACTGATGAAAATTATCATTCTGGGTGCCGGCCAGGTTGGCGGCACACTGGCGGAAAACCTGGTTGGCGAGAACAACGATATTACTGTTGTCGATACCAACGGTGAGCGTCTGCGGACCTTACAGGATAAATTTGACCTGCGGGTCGTGCAGGGGCATGGCTCTCATCCACGCGTATTGCGGGAGGCAGGTGCCGACGACGCCGATATGCTGGTTGCTGTAACCAGTTCAGATGAAACCAATATGGTTGCCTGCCAGGTAGCCTACTCACTTTTCAACACCCCTAATCGCATCGCTCGTATCCGCTCACCAGACTACGTGCGCGATGCCGATAAGCTATTTCATTCAGATGCTGTGCCGATTGATCATCTGATCGCACCAGAGCAGTTGGTTATCGATAATATTTACCGACTGATTGAGTATCCCGGCGCATTGCAGGTGGTGAACTTCGCTGAGGGTAAAGTCAGCCTGGCTGTGGT > NC_000913/3436411‑3436990 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |