| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,347,801 | G→A | W229* (TGG→TGA) | rapZ → | RNase adaptor protein RapZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,347,801 | 0 | G | A | 98.8% | 293.0 / NA | 86 | W229* (TGG→TGA) | rapZ | RNase adaptor protein RapZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (32/53); total (32/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCTGATTGTCGATACCTCAGAAATGTCCGTTCACGAGCTGGCTGAAATGCTGCGTACCCGTCTGCTGGGTAAACGTGAACGCGAACTGACCATGGTCTTTGAGTCTTTCGGCTTCAAACACGGTATCCCTATCGATGCAGATTACGTCTTTGACGTGCGCTTCTTGCCGAACCCGCACTGGGATCCGAAACTGCGTCCAATGACAGGTCTTGATAAACCTGTCGCCGCGTTCCTCGACCGCCACACAGAAGTACACAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGGTTACCTATGCTGGAAACCAACAACCGTAGCTACTTGACGGTCGCCATTGGTTGTACCGGCGGGAAGCACCGTTCGGTGTATATTGCAGAGCAACTGGCAGACTACTTCCGCTCGCGCGGTAAAAACGTCCAGTCACGCCATCGTACGCTGGAAAAACGTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCCGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGACGAAGGCACCGAG > NC_000913/3347505‑3348094 | gATCTGATTGTCGATACCTCAGAAATGTCCGTTCACGAGCTGGCTGAAATGCTGCGTACCCGTCTGCTGGGTAAACGTGAACGCGAACTGACCATGGTCTTTGAGTCTTTCGGCTTCAAACACGGTATCCCTATCGATGCAGATTACGTCTTTGACGTGCGCTTCTTGCCGAACCCGCACTGGGATCCGAACCTGCGTCCAATGACAGGTCTTGATAAACCTGTCGCCGCGTTCCTCGACCGCCACACAGAAGTACACAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGATTa > 1:648219/1‑300 (MQ=255)gATCTGATTGTCGATACCTCAGAAATGTCCGTTCACGAGCTGGCTGAAATGCTGCGTACCCGTCTGCTGGGTAAACGTGAACGCGAACTGACCATGGTCTTTGAGTCTTTCGGCTTCAAACACGGTATCCCTATCGATGCAGATTACGTCTTTGACGTGCGCTTCTTGCCGAACCCGCACTGGGATCCGAAACTGCGTCCAATGACAGGTCTTGATAAACCTGTCGCCGCGTTCCTCGACCGCCACACAGAAGTACACAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGATTa > 1:181837/1‑300 (MQ=255) tCTGATTGTCGATACCTCAGAAATGTCCGTTCACGAGCTGGCTGAAATGCTGCGTACCCGTCTGCTGGGTAAACGTGAACGCGAACTGACCATGGTCTTTGAGTCTTTCGGCTTCAAACACGGTATCCCTATCGATGCAGATTACGTCTTTGACGTGCGCTTCTTGCCGAACCCGCACTGGGATCCGAAACTGCGTCCAATGACAGGTCTTGATAAACCTGTCGCCGCGTTCCTCGACCGCCACACAGAAGTACACAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGATTAcc < 1:608209/300‑1 (MQ=255) tGATTGTCGATACCTCAGAAATGTCCGTTCACGAGCTGGCTGAAATGCTGCGTACCCGTCTGCTGGGTAAACGTGAACGCGAACTGACCATGGTCTTTGAGTCTTTCTGCTTCAAACACGGTATCCCTATCGATGCAGATTACGTCTTTGACGTGCGCTTCTTGCCGAACCCGCACTGGGATCCGAAACTGCGTCCAATGACAGGTCTTGATAAACCTGTCGCCGCGTTCCGCGACCGCCACACAGAAGTACACAATTTTATCTACCAGACGCGAAGCTATCTTGAGCTATGATTACCTa < 2:322756/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |