| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,167,825 | G→A | intergenic (‑107/+26) | ygiS ← / ← mqsA | putative deoxycholate binding periplasmic protein/antitoxin of the MqsRA toxin‑antitoxin system/DNA‑binding transcriptional repressor MqsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,167,825 | 0 | G | A | 99.0% | 331.6 / NA | 99 | intergenic (‑107/+26) | ygiS/mqsA | putative deoxycholate binding periplasmic protein/antitoxin of the MqsRA toxin‑antitoxin system/DNA‑binding transcriptional repressor MqsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (66/32); total (66/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCACAATCTGCGCGGCAGTATTCTCCTCCACCTTTTGCGGGTCGAGCGTACCTGGGTCGCTATGATTGTTGTAACGAAAGACTTGTTGCGGGGCGAGCGGTGTGTTGGCGGGAACGTCAGCAGCGTAGAGAGGAGCCGCACTTACCAGGCTGACCAGCCATAATAAATTTCGCGTATACATGGTATTCCTTACCGGAGAAATTATAAGCCCAACAACAATACGCCTGTGGCATTGTTCGCTCAAACTTATCGCGAGTGATTTGGCTCACACTCCGGTAAAGAAAAAAGCGAGTTGCCCCCGCTTTTCCATTAATTAACGGATTTCATTCAATAGTTCTGGATGCTTATCCAGAACACGTAAAAGTTTGATTGTGGAAGGATGAGGTTGGGCATTGCCTTTTTCGTAACGCGAAAACGCATTTACACCTCCCCCAAAAATTTCGCTTGCCTCTTTTTGGGTAAGAGAGAGCTTTTTTCGAACCTTCACTATAAATTCAGGTGCCACTGTTTCGGCATTCACCGAAGCCCGAAATGCCTTTACTTGCGCCATGAAAGCATCTGACTCTTCTTTATTCATGATG > NC_000913/3167537‑3168118 | aGCACAATCTGCGCGGCAGTATTCTCCTCCACCTTTTGCGGGTCGAGCGTACCTGGGTCGCTATGATTGTTGTAACGAAAGACTTGTTGCGGGGCGAGCGGTGTGTTGGCGGGAACGTCAGCAGCGTAGAGAGGAGCCGCACTTACCAGGCTGACCAGCCATAATAAATTTCGCGTATACATGGTATTCCTTACCGGAGAAATTATAAGCCCAACAACAATACGCCTGTGGCATTGTTCGCTCAAACTTATCGCGAGTGATTTGGCTCACACTCCGGTAAAGAAAAAAACGAGTTGcccc > 1:377589/1‑300 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aaaGAAAAAAACGAGTTGCCCCCGCTTTTCCATTAATTAACGGATTTCATTCAATAGTTCTGGATGCTTATCCAGAACACGTAAAAGTTTGATTGTGGAAGGATGAGGTTGGGCATTGCCTTTTTCGTAACGCGAAAACGCATTTACACCTCCCCCAAAAATTTCGCTTGCCTCTTTTTGGGTAAGAGAGAGCTTTTTTCGAACCTTCACTATAAATTCAGGTGCCACTGTTTCGGCATTCACCGAAGCCCGAAATGCCTTTACTTGCGCCATGAAAGCATCTGACTCTTCTTTATTCat < 1:230698/300‑1 (MQ=255) gAAAAAAACGAGTTGCCCCCGCTTTTCCATTAATTAACGGATTTCATTCAATAGTTCTGGATGCTTATCCAGAACACGTAAAAGTTTGATTGTGGAAGGATGAGGTTGGGCATTGCCTTTTTCGTAACGCGAAAACGCATTTACACCTCCCCCAAAAATTTCGCTTGCCTCTTTTTGGGTAAGAGAGAGCTTTTTTCGAACCTTCACTATAAATTCAGGTGCCACTGTTTCGGCATTCACCGAAGCCCGAAATGCCTTTACTTGCGCCATGAAAGCATCTGACTCTTCTTTATTCatgat > 1:329438/1‑300 (MQ=255) aaaaaaACGATTTGCCCCCGCTTTTCCATTAATTACCTGATTTCATTCAATAGTTCGGGATGCTTATCCAGAACACGTAAAAGTTTGATTGGGGAAGGATGAGGTTGGGCATTGCCTTTTTCGTAACGCGAAAACGCATTTACACCTCCCCCAAAAATTTCGCTTGCCTCTTTTTGGGTAAGAGAGAGCTTTTTTCGAACCTTCACTATAAATTCAGGTGCCACTGTTTCGGCATTCACCGAAGCCCGAAATGCCTTTACTTGCGCCATGAAAGCATCTGACTCTTCTTTATTCatgagg < 2:139518/300‑3 (MQ=255) | AGCACAATCTGCGCGGCAGTATTCTCCTCCACCTTTTGCGGGTCGAGCGTACCTGGGTCGCTATGATTGTTGTAACGAAAGACTTGTTGCGGGGCGAGCGGTGTGTTGGCGGGAACGTCAGCAGCGTAGAGAGGAGCCGCACTTACCAGGCTGACCAGCCATAATAAATTTCGCGTATACATGGTATTCCTTACCGGAGAAATTATAAGCCCAACAACAATACGCCTGTGGCATTGTTCGCTCAAACTTATCGCGAGTGATTTGGCTCACACTCCGGTAAAGAAAAAAGCGAGTTGCCCCCGCTTTTCCATTAATTAACGGATTTCATTCAATAGTTCTGGATGCTTATCCAGAACACGTAAAAGTTTGATTGTGGAAGGATGAGGTTGGGCATTGCCTTTTTCGTAACGCGAAAACGCATTTACACCTCCCCCAAAAATTTCGCTTGCCTCTTTTTGGGTAAGAGAGAGCTTTTTTCGAACCTTCACTATAAATTCAGGTGCCACTGTTTCGGCATTCACCGAAGCCCGAAATGCCTTTACTTGCGCCATGAAAGCATCTGACTCTTCTTTATTCATGATG > NC_000913/3167537‑3168118 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |