| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,506,659 | G→A | G163E (GGG→GAG) | sutR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator SutR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,506,659 | 0 | G | A | 98.7% | 248.5 / ‑4.1 | 76 | G163E (GGG→GAG) | sutR | DNA‑binding transcriptional dual regulator SutR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (41/33); total (41/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
ACATTTATTTCTCCGCCGCAGTCCGCTACGCCTTCAGTTTATGATCCACAACAGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGGGGAGCAAACCGTACATTTTCATTCCCTCATCCATTACCCGCGCAGTTAAGCGGGAAAACTATTTCGCAACGTCGCGCTTGTGGCTAAAATAGCCGCCATTTTTCAGCTACTGGATAAGAATGTGACCGTATCTTCTCATCGACTTGAACTGTTAAGCCCGGCACGCGATGCCGCCATTGCCCGCGAAGCTATTTTGCACGGTGCCGATGCTGTTTATATCGGCGGCCCTGGTTTTGGTGCCCGTCATAATGCCAGTAATAGCTTGAAAGATATTGCCGAGCTGGTGC > NC_000913/1506364‑1506946 | aCATTTATTTCTCCGCCGCAGTCCGCTACGCCTTCAGTTTATGATCCACAACAGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTgaggag < 2:373360/300‑1 (MQ=255)aCATTTATTTCTCCGCCGCAGTCCGCTACGCCTTCAGTTTATGATCCACAACAGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTgaggag < 1:377020/300‑1 (MQ=255) gTCCGCTACGCCTTCAGTTTATGATCCACAACAGTAGGCGGTGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACATTTTCATTc < 2:215468/300‑1 (MQ=255) gTCCGCTACGCCTTCAGTTTATGATCCACAACAGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACATTTTCATTc > 1:173190/1‑300 (MQ=255) cGCTACGCCTTCAGTTTATGATCCACAACAGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATTCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACATTTTCATTCCCt > 2:84678/1‑300 (MQ=255) cTACGCCTTCAGTTTATGATCCACAACAGCAGTTGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGcctgtctcttatacacatctcgcag < 1:123152/300‑25 (MQ=255) cGCCTTCGTTTTATGATCCACAACAGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATTTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTTTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACGTTTTCATTCCCTCATcc < 2:70277/300‑1 (MQ=255) ccTTCAGTTTATGATCCACAACCGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTAGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGCCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGANTGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACATTTTCATTCCCTCATCCAt > 2:615723/1‑300 (MQ=255) ttCAGTTTATGATCCACAACAGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTGAGGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACATTTTCATTCCCTCATCCATTa < 2:181439/300‑1 (MQ=255) cAGTTTGTGATCCACAACAGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACATTTTCATTCCCTCATCCATTAcc < 1:129322/300‑1 (MQ=255) 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aacaGCAGGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCANGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACATTTTCATTCCCTCATCCATTACCCGCGCAGTTAAGCgg < 1:510230/300‑1 (MQ=255) acaGCATGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACATTTTCATTCCCTCATCCATTACCCGCGCAGTTAAGCggg < 1:617964/300‑1 (MQ=255) cagcagGCGATGGTGATCACTTCGCTGTTTCCTTATGATCCACAACTCTGCTTTGAACACTTCTCGATTCAGATGGCATCTGGTGCAATAAGCGAATCGACGCCCCATGAGAAGGGGGTAATCGAACATGTCGTCGTCATTGATGGACAACTTGATCTGTGCGTTGATGGGGAATGGCAGACCCTTAATTGTGGGGAAGGCGTTCGATTTGCTGCAGACGTCACGCATATCTATCGTAATGGTGAGGAGCAAACCGTACATTTTCATTCCCTCATCCATTACCCGCGCAGTTAAGCGGGa > 1:568327/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |