| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3469040 | 95 (1.070) | 6 (0.070) | 6/558 | 6.1 | 6.2% | coding (814/2694 nt) | chiA | endochitinase |
| ? | NC_000913 | 3469344 = | 93 (1.120) | coding (510/2694 nt) | chiA | endochitinase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGCCGGTTTAACGTCCGGTGCCGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGAAGTACAGGACTGTGGATTACTGGTTTCTGAGATTTCCGTTGCCGTAGCGGCACGAACATAACGCC > NC_000913/3468750‑3469336 | aTCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATc > 1:636079/1‑300 (MQ=255) cTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAGACATTACCATTGAAAATAACCTGGTAAATTTCGCTAACTTACTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCAATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGt > 2:112487/1‑300 (MQ=255) cTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTGCTGGCATCGt > 2:106762/1‑300 (MQ=255) cTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGt > 1:68615/1‑300 (MQ=255) cTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGt > 2:262976/1‑300 (MQ=255) cccaCCAGGCGTTCTTTTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCAt < 1:435387/300‑1 (MQ=255) cccaCCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTCTTCTTTC‑GCAt > 2:139215/1‑300 (MQ=255) caccaGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTACGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCAATGGGTTACTGGCATCGTTTCTTTTC‑GCATCg > 2:85500/1‑300 (MQ=255) cGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACCGGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGTAGACACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGc < 2:74677/300‑1 (MQ=255) cGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGc < 2:413927/300‑1 (MQ=255) cTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCAAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCATTTTTTTTC‑GCATCGACTggacagtt > 2:14517/1‑294 (MQ=255) aCATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAGTCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCagcg > 2:127134/1‑300 (MQ=255) cactACCATTGAAAATAACACGGTAAATTTCGCTACCTTCCTTGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCTGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCgcgc < 2:7272/297‑1 (MQ=255) 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tAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTNCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATaa < 1:491901/300‑1 (MQ=255) aaTTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACNGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTTGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAAt < 2:170451/300‑1 (MQ=255) cTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTtat > 1:207146/1‑300 (MQ=255) cTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTtat > 2:208385/1‑300 (MQ=255) ttCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTtata > 1:454843/1‑300 (MQ=255) ttCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGT‑‑CCATTTCCAGAGCGAACGTAACGCAATGGGTTACTGGCGT‑GGTTTCTTTCCTCATCACCTGGGCAGTTGGCAGAGCCCCCCCACCAGGCGttttcctaattcccgccgttacga > 1:62168/1‑278 (MQ=255) tCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGNACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCNGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAg < 2:470456/300‑1 (MQ=255) cttgCCGCTCCACGCTTGCAATGATTAATCGTTAACGCTATCCGCTTGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCCCCGGTGTTTCCGTAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGTGCAATTTTCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGAt < 2:351513/297‑1 (MQ=255) gCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGNTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTGATAAATGCCGCCGTTATAGATAAc < 2:519910/300‑1 (MQ=255) 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ATCTTTAGACCCAACCCACCAGGCGTTCTTGTAAACATTACCATTGAAAATAACATGGTAAATTTCGCTACCTTCCTGGCCGCTCCACGCTTGCAATGAGTAATCGTTAACGCTATCCGCTGGTGTTGATGGCTCGCTGTTATCCGGAGTTGGGGTCACCGGTGTTTCCGGAGTTGGATCAACCGGAGTCACAGCACCGCCATTATTATCCGGCTTAACGGAACAGGAGCCAGGGTTACCATACTGGCTGATTTCTGTTGCCGTTGCC‑GCGCGAACATAACGCCATGGGTTACTGGCATCGTTTTCTTTC‑GCATCGCCTGGGCAATTTGCCGCGCCTACCCACCAGGCGTTCTTATAAATGCCGCCGTTATAGATAACGTACCATGTAGAAGAACCTTCCTGACCTTTCCAGGCTACTACAGCATAGTTGTCGTTTGACTTATCAGCTGGGGCTGGCTGAACATCAGGAGCCGGTTTAACGTCCGGTGCCGGTTTCACATCCGGTGAAGGCTGTGGTGCTGAAGTACAGGACTGTGGATTACTGGTTTCTGAGATTTCCGTTGCCGTAGCGGCACGAACATAACGCC > NC_000913/3468750‑3469336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |