| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 357,285 | G→A | G372E (GGA→GAA) | codA → | cytosine/isoguanine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 357,285 | 0 | G | A | 98.8% | 300.7 / NA | 85 | G372E (GGA→GAA) | codA | cytosine/isoguanine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (34/50); minor base C (1/0); total (35/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCTGGTCAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGGAAACAGCGC‑CAACCTGATTATCCTGCCGGCTGAAAATGGGTTTGATGCGCTGCGCCGTCAGGTTCCGGTACGTTATTCGGTACGTGGCGGCAAGGTGATTGCCAGCACACAACCGGCACAAACCACCGTATATCTGGAGCAGCCAGAAGCCATCGATTACAAACGTTGAACGACTGGGTTACAGCGAGCTTAGTTTATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGTAGAGCACTGAACTCGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGGCAATTCCAGCCGCTGATCT > NC_000913/357000‑357580 | cGCTGGTCAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATGTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGAAAACAGCGC‑CAAcc < 1:228438/300‑1 (MQ=255) ggTCAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCCAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGAAAACAGCGC‑CAACCTGAt > 2:137842/1‑300 (MQ=255) ggTCAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGAAAACAGCGC‑CAACCTGAt > 1:177016/1‑300 (MQ=255) cAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGAAAACAGCGC‑CAACCTGATTAt < 2:432911/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |