Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 4,546,601 | C→T | I502I (ATC→ATT) | fimD → | type I fimbriae usher protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,546,601 | 0 | C | T | 99.2% | 459.3 / NA | 128 | I502I (ATC→ATT) | fimD | type I fimbriae usher protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (65/62); minor base G (0/1); total (65/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCGTTACTCAGCAACTCGGGCGCACATCAACACTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTC > NC_000913/4546309‑4546889 | ggctggACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATTGAAACACAGGAc < 1:159516/300‑1 (MQ=255) 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acaTACAGTCGAATGAATGGCTACAACATTGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTAAAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCGTTACTCAGCAACTCGGGCGCACATCAACACTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAg > 2:482842/1‑300 (MQ=255) tACAGTCGAATGAATGGCTACAACATTGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCGTTACTCAGCAACTCGGGCGCACATCAACACTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATg < 1:200702/300‑1 (MQ=255) gTCGAATGAATGGCTACAACATTGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCGTTACTCAGCAACTCGGGCGCACATCAACACTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGATCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCATGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAg > 1:199301/1‑300 (MQ=255) 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CGGCTGGCTGGACAATATATGGTGGAACGCAACTGGCGGATCGTTATCGTGCTTTTAATTTCGGTATCGGGAAAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAACATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCGTTACTCAGCAACTCGGGCGCACATCAACACTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTC > NC_000913/4546309‑4546889 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |