| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 85,651 | 0 | G | T | 30.6% | 166.8 / 12.6 | 112 | E8* (GAG→TAG) | ilvI | acetolactate synthase/acetohydroxybutanoate synthase, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/47); new base T (0/34); total (31/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GCATTTTTTATTGAATGTAGAATTTTATTCTGAATGTGTGGGCTCTCTATTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCT > NC_000913/85355‑85945 | gCATTTTTTATTGAATGTAGAATTTTATTCTGAATGTGTGGGCTCTCTATTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCgaga < 2:769271/300‑1 (MQ=255) 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ttgAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGAc < 2:100043/298‑1 (MQ=255) tGGAGCCTAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGTAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTNGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATTGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGTGCAGGTAGCGAc < 2:714713/300‑1 (MQ=255) gAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGAccc > 2:149908/1‑299 (MQ=255) | GCATTTTTTATTGAATGTAGAATTTTATTCTGAATGTGTGGGCTCTCTATTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCT > NC_000913/85355‑85945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |