| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,152,733 | G→A | I122I (ATC→ATT) | ppc ← | phosphoenolpyruvate carboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,152,733 | 0 | G | A | 99.0% | 327.5 / ‑6.3 | 95 | I122I (ATC→ATT) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (50/44); minor base C (1/0); total (51/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TGGTACGCCTTGCCACAGGCTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTGATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTCCGGGTTGCTGGCAGCTTCGCCTTTCGGCGAAATGCTGTGGTATTGCTCGGCGGTGTTGGCCAGGTTCAGGAACTGACTAAACGCACGCGCAACGGGCAGCAGCTCGTCGTTCGACAAATTTTGTAAGGTGGTGAGCAACTCCTGGCGGTTAGCATCATTGCCAGCGCGTGAAGATTTCGACAACTTACGGATAGTTTCTACGCGTTCAAGAATGTGTTCTCCCAACGCATCCT > NC_000913/4152445‑4153028 | tGGTACGCCTTGCCACAGGCTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTc > 1:225527/1‑300 (MQ=255) tACGCCTTGCCACAGGCTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCt < 1:480741/300‑1 (MQ=255) cGCCTTGCCACAGGCTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCa > 1:478799/1‑300 (MQ=255) ccTTGCCACAGGCTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGt > 1:499826/1‑300 (MQ=255) ccTTGCCACAGGCTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGCCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCAACATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGt > 2:472502/1‑300 (MQ=255) ttGCCACAGGCTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTc > 2:706616/1‑300 (MQ=255) gcaacaGGCTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCCGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCg > 2:715640/4‑300 (MQ=255) 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cTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAAATGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTNTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTNTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGttt > 2:593290/1‑300 (MQ=255) gCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGAATGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGGTTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCg > 1:33812/1‑300 (MQ=255) ccccATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCgg > 1:107040/1‑300 (MQ=255) 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cccATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCACTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCggg < 1:244921/300‑1 (MQ=255) cccATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTGTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGAGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCggg < 2:718386/300‑1 (MQ=255) cccATTTGGCTTCATCTACCGGGCTGGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGTCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTGAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCggg < 1:605581/300‑1 (MQ=255) 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cTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATNTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATNTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTCCGGGt < 2:504424/300‑1 (MQ=255) gggCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTCCGGGTTGCTg < 1:309164/300‑1 (MQ=255) ggCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTCCGGGTTGCTgg > 1:351350/1‑300 (MQ=255) 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ttttAATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTCCGGGTTGCTGGCAGCTTCGCCTTTCGGCGAAATGCTGTGGTANTGCTCGGCGGTGTTGGCCAGGTTCAGGAACTGACTAAACGCACGCGCAACGGGCAGCAGCTCGTCGTTCGACAAATTTTGTAAGGTGGTGAGCAACTCCTGGCGGTTAGCATCATTGCCAGCGCGTGAAGATTTCGACAACTTACGGATAGTTTCTACGCGTTCAAGAATGTGTTCTCCCAACGCATCCt < 1:542140/300‑1 (MQ=255) | TGGTACGCCTTGCCACAGGCTGTTTTCCACTACGGCAAAGCCCCATTTGGCTTCATCTACCGGGCTTGGACGCAGCTTACGGATTTCATCGGTATGCCATGACTGGGCGATCAACTGGCGCAGGCGACGCATCAGCTGGTTGTGTTCGTAGTCAGCGATATCTTTGTTATCGAGCTGTTTTAAACAGGCGTTCACTTCCACCATTTTGTGGATCAGTGTACGACGGGTAATTTCGGTTGGGTGAGCCGTGAGGACCAGTTCCAGCGACAGCGATTCCACTGCTTTTTTGATGGTGTCTTCGCTCAGTTCCGGCTGGTTTTTCAGTTTACGCAGGGTGCGGGCGATCACTTCCGGGTTGCTGGCAGCTTCGCCTTTCGGCGAAATGCTGTGGTATTGCTCGGCGGTGTTGGCCAGGTTCAGGAACTGACTAAACGCACGCGCAACGGGCAGCAGCTCGTCGTTCGACAAATTTTGTAAGGTGGTGAGCAACTCCTGGCGGTTAGCATCATTGCCAGCGCGTGAAGATTTCGACAACTTACGGATAGTTTCTACGCGTTCAAGAATGTGTTCTCCCAACGCATCCT > NC_000913/4152445‑4153028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |