| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,653,231 | Δ63,334 bp | IS5‑mediated | yhiS–[yiaD] | 52 genes yhiS, slp, dctR, yhiD, hdeB, hdeA, hdeD, arrS, gadE, gadF, mdtE, mdtF, gadW, gadY, gadX, gadA, ccp, treF, yhjB, rcdB, yhjD, yhjE, yhjG, pdeH, kdgK, yhjJ, dctA, pdeK, bcsC, bcsZ, bcsB, bcsA, yhjR, bcsE, bcsF, bcsG, ldrD, rdlD, yhjV, dppF, dppD, dppC, dppB, dppA, proK, eptB, yhjX, yhjY, tag, yiaC, bisC, [yiaD] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3652249–3653236 | 3716564 | 63329–64316 | 33 [31] | [2] 88 | [insH11]–[yiaD] | [insH11],yhiS,slp,dctR,yhiD,hdeB,hdeA,hdeD,arrS,gadE,gadF,mdtE,mdtF,gadW,gadY,gadX,gadA,ccp,treF,yhjB,rcdB,yhjD,yhjE,yhjG,pdeH,kdgK,yhjJ,dctA,pdeK,bcsC,bcsZ,bcsB,bcsA,yhjR,bcsE,bcsF,bcsG,ldrD,rdlD,yhjV,dppF,dppD,dppC,dppB,dppA,proK,eptB,yhjX,yhjY,tag,yiaC,bisC,[yiaD] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3653230 | NA (NA) | 86 (0.900) | 60/598 | 0.3 | 97.7% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3716565 = | 2 (0.020) | coding (19/660 nt) | yiaD | PF13488 family lipoprotein YiaD | |||||
CCATTCCTGTGGCTAACGCGCCACGCGAGCTAAACACGGTTTCGCCGTCGGTTTCAACCAGCATGGGCCCCCAATGGGCGGCAGTCAGAACGGAATATCGTGAGGATGAGTTGGCCAAACCGAAGACTCCTGAAAGGTTAGATGTATTGAGCAGTTAAATATTACTTACAAATTTCCGAGTATTCCCAGGAATAATCTTCATGTTCACGCGGCATAATCTCCCGCCACGGAACCCGTGGCAAAGAATAAAAAGGTTATTAAGGATTAACAATGAAGAAACGTGTTTATCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGCTGCACAACTAACCCTTACACCGGCGAACGCGAAGCAGGTAAATCTGCTATCGGCGCAGGTCTGGGCTCTCTCGTGGGCGCGGGTATTGGTGCGCTCTCTTCTTCGAAGAAAGATCGCGGTAAAGGCGCGCTGATTGGCGCAGCAGCAGGCGCAGCTCTGGGCGGCGGCGTTGGTTATTACATGGATGTGCAGGAAGCGAAGCTGCGCGACAAAATGCGCGGCACTGGTGTTAGCGTAACCCGCAGCGGGGATAACAT > NC_000913/3716277‑3716863 | cgctgaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagcattggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgtttgcaccttccATTATTgccgcc > 2:118365‑M2/289‑300 (MQ=255) gctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGccgccg > 2:479147‑M2/288‑300 (MQ=255) gctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagcattggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGccgccg > 2:310659‑M2/288‑300 (MQ=255) caggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattaactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTag < 1:334778‑M2/16‑1 (MQ=255) ggttgtaccactgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTagtg > 1:131939‑M2/283‑300 (MQ=255) ggttgtaccaatgctgcatgtagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagagtctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTagtg > 2:460943‑M2/283‑300 (MQ=255) ggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTagtg > 1:108622‑M2/283‑300 (MQ=255) tgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgagccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTagtgagt < 1:442360‑M2/21‑1 (MQ=255) gtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccngccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacangatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTagtgagtg > 2:694251‑M2/279‑300 (MQ=255) atgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGctc > 2:294380‑M2/273‑300 (MQ=255) 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gaatgcgtagcgtgggttccagcggatgaggtcgcctgccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggtagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgattactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGc < 2:28759‑M2/42‑1 (MQ=255) gaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatntcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgacncatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcgccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGc > 2:601681‑M2/259‑300 (MQ=255) gaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGc > 1:663348‑M2/259‑300 (MQ=255) gaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGc < 2:411900‑M2/42‑1 (MQ=255) cgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGACTGcac > 2:145564‑M2/254‑300 (MQ=255) agcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgactgccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatcccttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcgtcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcatggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGCTGCACAAc < 2:308704‑M2/50‑1 (MQ=255) gcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGCTGCACAACt > 1:409925‑M2/250‑300 (MQ=255) ggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGCTGCACAACTAAcc < 1:276565‑M2/55‑1 (MQ=255) gtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGCTGCACAACTAAccc < 1:323720‑M2/56‑1 (MQ=255) gtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGCTGCACAACTAAccc > 2:303322‑M2/245‑300 (MQ=255) agcggataaggtcgccggccattaccagcctttgggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgctggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgntgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGCTGCACAACTAACCCTTacac < 2:181871‑M2/62‑1 (MQ=255) agcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGCTGCACAACTAACCCTTacac < 1:8822‑M2/62‑1 (MQ=255) 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CCATTCCTGTGGCTAACGCGCCACGCGAGCTAAACACGGTTTCGCCGTCGGTTTCAACCAGCATGGGCCCCCAATGGGCGGCAGTCAGAACGGAATATCGTGAGGATGAGTTGGCCAAACCGAAGACTCCTGAAAGGTTAGATGTATTGAGCAGTTAAATATTACTTACAAATTTCCGAGTATTCCCAGGAATAATCTTCATGTTCACGCGGCATAATCTCCCGCCACGGAACCCGTGGCAAAGAATAAAAAGGTTATTAAGGATTAACAATGAAGAAACGTGTTTATCTTATTGCCGCCGTAGTGAGTGGCGCTCTGGCGGTATCTGGCTGCACAACTAACCCTTACACCGGCGAACGCGAAGCAGGTAAATCTGCTATCGGCGCAGGTCTGGGCTCTCTCGTGGGCGCGGGTATTGGTGCGCTCTCTTCTTCGAAGAAAGATCGCGGTAAAGGCGCGCTGATTGGCGCAGCAGCAGGCGCAGCTCTGGGCGGCGGCGTTGGTTATTACATGGATGTGCAGGAAGCGAAGCTGCGCGACAAAATGCGCGGCACTGGTGTTAGCGTAACCCGCAGCGGGGATAACAT > NC_000913/3716277‑3716863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |