| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2653502 | 108 (1.130) | 4 (0.050) | 4/530 | 8.0 | 4.4% | intergenic (‑47/‑353) | timR/ryfA | putative small regulatory RNA TimR/small regulatory RNA RyfA |
| ? | NC_000913 | 2653825 = | 78 (0.920) | intergenic (‑370/‑30) | timR/ryfA | putative small regulatory RNA TimR/small regulatory RNA RyfA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAAC > NC_000913/2653203‑2653798 | gCTGCGGCTCTGGTGTAACGACAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAGAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGt < 2:31666/300‑1 (MQ=255) ggCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAatta < 1:97140/300‑1 (MQ=255) gCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAGTAAGTATTTTACAGGCAATAAAAACCCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGCCTTGTGTTACATGAGCAAAGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAACGCTAACCAGTAGCTCTCTTTTTGTCAAGCAAAGGCGAGTAattat > 2:56606/1‑300 (MQ=255) gCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAattat > 1:144835/1‑300 (MQ=255) gacaggTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCATTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGTCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTACAGCAGG‑‑‑‑‑TTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGttc < 1:229163/296‑2 (MQ=18) ctGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGt > 2:318336/1‑300 (MQ=255) ggTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGNCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCAACAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGttt > 1:515715/1‑300 (MQ=255) ggTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGGGTAATTATTGttt > 2:31603/1‑300 (MQ=255) gtgtAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTAAAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTACAGCAGG‑‑‑‑‑TTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTAAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTattattattcctgtc > 2:227877/1‑291 (MQ=18) aaCGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCATCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGGGAGTAATTATTGtttattta > 2:143744/1‑300 (MQ=255) gCAGCCGGGTTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGGGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGt < 2:373214/300‑1 (MQ=255) cGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGAGGTGCCAAACTTGAAACTGTGCGACGGCGCATGGAGGGAATGGGGCGCGCGTGCAGGTTTACCGTTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCTCCGAATTTGGCGTTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGtattat < 2:157486/300‑1 (MQ=255) tGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCg < 2:708128/300‑1 (MQ=255) gTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGGTTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGac < 2:460235/300‑1 (MQ=255) gTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑ACACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGac > 1:614088/1‑300 (MQ=255) gTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGac < 1:732554/300‑1 (MQ=255) gTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACNTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAANCCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGGTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGGCACCgg > 2:524644/1‑300 (MQ=255) tCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTcc < 2:707010/300‑1 (MQ=255) cgcgACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCGAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTccg > 1:201921/1‑300 (MQ=255) 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gTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACAACGGCACTTTCCGCAGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCtta > 1:245553/1‑300 (MQ=255) gTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACNCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCtta > 1:539432/1‑300 (MQ=255) cgacgGCACATGGAGTGAGTGGGGCGCGCGGGCAGATTTATCGGGTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGGTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCttatta < 2:323457/300‑1 (MQ=255) tactgcgcATGGAGGGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACATGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAg < 2:202749/296‑1 (MQ=255) gacgGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAAGCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAg < 2:365601/300‑1 (MQ=255) gacgGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCAGTTGAGCCAGTGNAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAg < 2:550819/300‑1 (MQ=255) 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GCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAAC > NC_000913/2653203‑2653798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |