| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,948,012 | 0 | G | T | 99.2% | 446.0 / ‑6.6 | 127 | intergenic (‑45/‑74) | hdfR/maoP | DNA‑binding transcriptional dual regulator HdfR/macrodomain Ori protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (57/68); total (57/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTGCTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGTGGCGAACGTGAGCCAGTGACAGAAGC > NC_000913/3947719‑3948306 | cgcCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTTTTTTac > 1:96750/1‑300 (MQ=255) 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aaaTTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTTTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTGCTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGt < 1:1549/300‑1 (MQ=255) ttATGATTTAAATGTTTTTTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTGCTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGTGGCGAACGTGAGc < 1:43149/300‑1 (MQ=255) tATGATTTAAATGTTTTTTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTGCTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGTGGCGAACGTGAGcc < 1:200714/300‑1 (MQ=255) | CGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTGCTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGTGGCGAACGTGAGCCAGTGACAGAAGC > NC_000913/3947719‑3948306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |