| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,679,077 | G→A | I37I (ATC→ATT) | pdeH ← | c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,679,077 | 0 | G | A | 98.9% | 304.1 / NA | 89 | I37I (ATC→ATT) | pdeH | c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (57/31); total (57/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTCGAAACGCAGCCAGGGAAGACGCTCAATCTGGCGCAGGATTTTTGGTTGCTGACGCAGGGCGATGAGCGTAGGGCCATCAATATTGACCGATGCCAGCAGGCCGTGCTCTATAAAGAAGTCGGCTTTTTGCGCCAGCAAATCAATCTGCTCTTTCACAACCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAGATCGGCTGCCAGGTGTAAGCACGCTCACACTGCAACCAAAAACGCCGTTCCTGCAAGCTCTCGATGCTTGCTTCAGGGTTGCTTATTCGCTGGATAACCTGCCTTATCATCAAAGATGTCCTGTGTTTAAAAGTGATGCTGCCCGGACTCGACAAAGATTATCGGCGCGTAAGGGCAGAACTTTACCGCCTGGCCGGGGTAAATTTCCTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACC > NC_000913/3678788‑3679362 | gTTCGAAACGCAGCCAGGGAAGACGCTCAATCTGGCGCAGGATTTTTGGTTGCTGACGCAGGGCGATGAGCGTAGGGCCATCAATATTGACCGATGCCAGCAGGCCGTGCTCTATAAAGAAGTCGGCTTTTTGCGCCAGCAAATCAATCTGCTCTTTCACAACCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCNGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAAATCGGCTGcc > 1:486289/1‑300 (MQ=255) aaaCGCAGCCAGGGAAGACGCTCAATCTGGCGCAGGATTTTTGGTTGCTGACGCAGGGCGATGAGCGTAGGGCCATCAATATTGACCGATGCCAGCAGGCCGTGCTCTATAAAGAAGTCGGCTTTTTGCGCCAGCAAATCAATCTGCTCTTTCACAACCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAAATCGGCTGCCAGgtg < 1:46420/300‑1 (MQ=255) aGCCAGGGAAGACGCTCAATCTGGCGCAGGATTTTTGGTTGCTGACGCAGGTCGATGAGCGTAGGGCCATCAATATTGACCGATGCCAGCAGGCCGTGCTCTATAAAGAAGTCGGCTTTTTGCGCCAGCAAATCAATCTGCTCTTTCANAACCTCCATCCGATGGCTGACGGTGANTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACGGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAAATCGGCTGCCAGGTGTAAGCa < 2:472436/300‑1 (MQ=255) aGCCAGGGAAGACGCTCAATCTGGCGCAGGATTTTTGGTTGCTGACGCAGGGCGATGAGCGTAGGGCCATCAATATTGACCGATGCCAGCAGGCCGTGCTCTATAAAGAAGTCGGCTTTTTGCGCCAGCAAATCAATCTGCTCTTTCACAACCTCCATCCGATGGCTGACGGTGATTTCAGTAAAATAGCGATCCGGCGGCAGGCGTTGCGAAGGGTTCAAGGGATGCGTGACCACCGTTAATAGCTCCACTGCCATTAACCGCCCGCATGTTTGATAAATCGGCTGCCAGGTGTAAGCa < 1:201400/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |