| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,392,341 | G→A | intergenic (‑313/+117) | tldD ← / ← yhdP | metalloprotease subunit TldD/phospholipid transport factor YhdP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,392,341 | 0 | G | A | 97.1% | 213.7 / NA | 72 | intergenic (‑313/+117) | tldD/yhdP | metalloprotease subunit TldD/phospholipid transport factor YhdP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (38/30); total (40/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAA‑CGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGATCGTCCAGCGGACCCGAAATGTGATAGCGCAAAATGGAGACTTTGCTCCACAGCGGCCCCAGCACTTTACTGGCGGCAAACACTGCCGCGCCAACAATGGGGTTAACCGCAAAAGCCGC > NC_000913/3392046‑3392628 | agttacgtcAGTAGAGGATTTTGTGCAACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTACCCAACCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAGGACGCACAGCGTCGCATCGGGCAACGGTTTTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TGTGTATGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATTTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGACAA‑c < 2:95998/292‑1 (MQ=18) taagatgatcctttACTGCTGCTGGATGCGGCATAAACGCTCTAGCCAGCCTACGGGTAGGTGCCGGGTGGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGGCACATTAGTCACCGGCTTTTGTATGCGGCGTAAACGCNTTGTCCGACCTACGGTTATGTTCTG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCGACGGTTATGTTCCGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGACAA‑CGGCTGCCgta < 2:165346/289‑3 (MQ=17) tttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACACACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGACAA‑CGGCTGCCGGATGCGGCGTGaa < 1:391355/300‑1 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGGGAACGCCCCATCCAGCCTACGGTGATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGTTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGACAA‑CGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATc < 2:239429/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |