| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 34,388 | T→G | I30S (ATC→AGC) | caiF → | DNA‑binding transcriptional activator CaiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 34,388 | 0 | T | G | 99.2% | 460.1 / ‑4.9 | 119 | I30S (ATC→AGC) | caiF | DNA‑binding transcriptional activator CaiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (50/68); total (51/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAGCAAATTTACGCGCGCCTGCGCAATAACAGTCGGGAAAAATTAGTCGGTGTAAGAAAGACGCCGCGTATTCCTGCCGTTCCGCTCACGGAACTTAACCGCGAGCAGAAGTGGCAGATGATGTTGTCAAAGAG > NC_000913/34092‑34682 | cGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGAgctc > 2:54651/1‑300 (MQ=255) 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gATAGCAAGAGAGAGCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAGCAAATTTACGCGCGCCTGCGCAATAACAGTCGGGAAAAATTAGTCGGTGTAAGAAAGACGCCGCGTATTCCTGCCGTTCCGCTCACGGAACTTAACCGCGAGCAGAAGTGGCAGATGAtgtt > 1:281965/1‑300 (MQ=255) tAGCAAGAGAGAGCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAGCAAATTTACGCGCGCCTGCGCAATAACAGTCGGGAAAAATTAGTCGGTGTAAGAAAGACGCCGCGTATTCCTGCCGTTCCGCTCACGGAACTTAACCGCGAGCAGAAGTGGCAGATGAtgttgt > 1:232610/1‑300 (MQ=255) tAGCAAGAGAGAGCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAGCAAATTTACGCGCGCCTGCGCAATAACAGTCGGGAAAAATTAGTCGGTGTAAGAAAGACGCCGCGTATTCCTGCCGTTCCGCTCACGGAACTTAAACGCGAGCAGAAGTGGCAGATGAtgttgt > 2:85444/1‑300 (MQ=255) gCAAGAGAGAGCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAGCAAATTTACGCGCGCCTGCGCAATAACAGTCGGGAAAAATTAGTCGGTGTAAGAAAGACGCCGCGTATTCCTGCCGTTCCGCTCACGGAACTTAACCACGAGCAGAAGTGGCAGATGATGTTGTCa > 2:7060/1‑300 (MQ=255) agagagCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCANTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAGCAAATTTACGCGCGCCTGCGCAATAACAGTCGGGAAAAATTAGTCGGTGTAAGAAAGACGCCGCGTATTCCTGCCGTTCCGCTCACGGAACTTAACCGCGAGCAGAAGTGGCAGATGATGTTGTCAAagag < 2:169452/300‑1 (MQ=255) agagagCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAGCAAATTTACGCGCGCCTGCGCAATAACAGTCGGGAAAAATTAGTCGGTGTAAGAAAGACGCCGCGTATTCCTGCCGTTCCGCTCACGGAACTTAACCGCGAGCAGAAGTGGCAGATGATGTTGTCAAagag < 1:149185/300‑1 (MQ=255) | CGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTTGCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAGCAAATTTACGCGCGCCTGCGCAATAACAGTCGGGAAAAATTAGTCGGTGTAAGAAAGACGCCGCGTATTCCTGCCGTTCCGCTCACGGAACTTAACCGCGAGCAGAAGTGGCAGATGATGTTGTCAAAGAG > NC_000913/34092‑34682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |