| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,291,032 | G→A | R740K (AGA→AAA) | yraJ → | putative fimbrial usher protein YraJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,291,032 | 0 | G | A | 98.1% | 360.8 / 0.2 | 105 | coding (2219/2517 nt) | yraJ | putative fimbrial usher protein YraJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (55/48); minor base . (1/1); total (56/49) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAG‑GTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAACGGTAAACCGTTGCCCTTTGGCGCTCTTGCCAGCAACGATGATACGGGGCAACAAAGTATCGTCGATGAGGGCGGCATACTATATCTCTCTGGGATATCGAGTAAATCACAAAGCTGGACTGTACGCTGGGGAAATCAGGCAGATCAACAATGTCAGTTTGCTTTCAGTACACCGGATTCAGAACCTACAACCTCTGTATTACAAGGCACAGCGCAGTGC > NC_000913/3290740‑3291324 | aGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAAAA‑GTGCa > 1:338200/1‑300 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tggtgCCCAACAAAA‑GTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAACGGTAAACCGTTGCCCTTTGGCGCTCTTGCCAGCAACGATGATACGGGGCAACAAAGTATCGTCGATGAGGGCGGCATACTATATCTCTCTGGGATATCGAGTAAATCACAAAGCTGGACTGTACGCTGGGGAAATCAGGCAGATCAACAATGTCAGTTTGCTTTCAGTACACCGGATTCAGAACCTACAACCTCTGTATTACAAGGCACAgcgc < 1:236263/300‑1 (MQ=255) tggtgCCCAACAAAA‑GTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAACGGTAAACCGTTGCCCTTTGGCGCTCTTGCCAGCAACGATGATACGGGGCAACAAAGTATCGTCGATGAGGGCGGCATACTATATCTCTCNGGGATATCGAGTAAATCACAAAGCTGGACTGTACGCTGGGGAAATCAGGCAGATCAACAATGTCAGTTTGCTTGCAGTACACCGGATTCAGANCCTACAACCTCTGTATTACAAGGCACAgcgc < 2:490447/300‑1 (MQ=255) tggtgCCCAACAAAA‑GTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAACGGTAAACCGTTGCCCTTTGGCGCTCTTGCCAGCAACGATGATACGGGGCAACAAAGTATCGTCGAGGAGGGCGGCATACTATATCTCTCTGGGATATCGAGTAAATCACAAAGTTGGACTGTACGCTGGGGAAATCAGGCAGATCAACAATGTCAGTTTGCTTTCAGTACACCGGATTCAGAACCTACAACCTCTGTATTACAAGGCACAgcgc < 2:210157/300‑1 (MQ=255) 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AGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTATCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAG‑GTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAACGGTAAACCGTTGCCCTTTGGCGCTCTTGCCAGCAACGATGATACGGGGCAACAAAGTATCGTCGATGAGGGCGGCATACTATATCTCTCTGGGATATCGAGTAAATCACAAAGCTGGACTGTACGCTGGGGAAATCAGGCAGATCAACAATGTCAGTTTGCTTTCAGTACACCGGATTCAGAACCTACAACCTCTGTATTACAAGGCACAGCGCAGTGC > NC_000913/3290740‑3291324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |