Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,191,376 | 0 | G | T | 23.7% | 320.0 / 18.6 | 152 | E249* (GAG→TAG) | yqiI | putative fimbrial protein YqiI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/50); new base T (0/36); total (66/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CCGCAATTATCAGTAACTTTTCCAGTACGAGTGCAGCTATATATTAAGCTAGCTAAAAATGCCAATAAAGTAAATAAAAAACTTGTATTACCTGACGAATATATAGCACTTGAATTTAAAGGTATGAGCGGAGCAGGTGCTATAGAAGTAGATAAAAATCTGACCTTCAGGATTCGCGGATTAAATAACATTCATGTCCTTGACTGCTTTGTTAATGTTGATCTGGAACCAGCTGATGGCGTTGTCGACTTTGGTAAAATAAATTCCCGAACAATTAAAAATACCAGCGTGAGTGAGACGTTTAGCGTAGTCATGACCAAAGATCCGGGTGCGGCCTGTACTGAGCAGTTTAATATTTTAGGGAGTTTTTTCACTACGGATATTTTGAGTGATTATAGCCATCTGGATATAGGTAATGGTCTGCTATTGAAGATATTTCATAACGATGGAACAGCAACGGAATTTAACCGCTTCTCACAATTTGCTTCTTTTTCATCGTCTAGTGCGCCTTCGGTCACCGCACCATTCAGGGCAGAACTGAGTGCGAACCCGGCAGAAACGGTTGTTGAGGGACCGTTTAGTAAAGACGTAATC > NC_000913/3191082‑3191675 | ccGCAATTATCAGTAACTTTTCCAGTACGAGTGCAGCTATATATTAAGCTAGCTAAAAATGCCAATAAAGTAAATAAAAAACTTGTATTACCTGACGAATATATAGCACTTGAATTTAAAGGTATGAGCGGAGCAGGTGCTATAGAAGTAGATAAAAATCTGACCTTCAGGATTCGCGGATTAAATAACATTCATGTCCTTGACTGCTTTGTTAATGTTGATCTGGAACCAGCTGATGGCGTTGTCGACTTTGGTAAAATAAATTCCCGAACAATTAAAAATACCAGCGTGAGTGAGACg > 1:570000/1‑300 (MQ=255) 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cAGCGTGAGTGAGACGTTTAGCGTAGTCATGACCCAAGAGCCGGGTGCGGCCTGNACTGAGCAGTTTAATATTTTAGGTAATTTTTTCACTACGGATAGTTTGAGGGAGTATAGCCATCTGGATATAGGGAATGGTCTGCTATTGAAGATATTTCATAACGATGGAACAGCAACGGAATTTAACCGCTTCTCACAATTTGCTTCTTTTTCATCGTCTAGTGCGCCTTCGGTCACCGCACCATTCAGGGCAGAACTGAGTGCGAACCCGGCAGAAACGGTTGTTGAGGGACCGTTTAGTaa < 2:518826/300‑1 (MQ=255) cAGCGTGAGTGAGACGTTTAGCGTAGTCATGACCAAAGATCCGGGTGCGGCCTGTACTGAGCAGTTTAATATTTTAGGGAGTTTTTTCACTACGGATATTTTGATTGATTATAGCCATCTGGATATAGGTAATGGTCTGCTATTGAAGATATTTCATAACGATGGAACAGCAACGGAATTTAACCGCTTCTCACAATTTGCTTCTTTTTCATCGTCTAGTGCGCCTTCGGTCACCGCACCATTCAGGGCAGAACTGAGTGCGAACCCGGCAGAAACGGTTGTTGAGGGACCGTTTAGTaa < 1:211067/300‑1 (MQ=255) cAGCGTGAGTGAGACGTTTAGCGTAGTCATGACCAAAGATCCGGGTGCGGCCTGTACTGAGCAGTTTAATATTTTAGGGAGTCTTTTCACTACGGATATTTTGAGTGATTATAGCCATCTGGATATAGGTAATGGTCTGCTATTGAAGATATTTCATAACGATGGAACAGCAACGGAATTTAACCGCTTCTCACAATTTGCTTCTTTTTCATCGTCTAGTGCGCCTTCGGTCACCGCACCATTCAGGGCAGAACTGAGTGCGAACCCGGCAGAAACGGTTGTTGAGGGACCGTTTAGTaa < 2:589640/300‑1 (MQ=255) gCGTGAGTGAGACGTTTAGCGTAGTCATGACCAAAGATCCGGGTGCGGCCTGTACTGAGCAGTTTAATATTTTAGGGAGTTTTTTCACTACGGATATTTTGAGTGATTATAGCCATCTGGATATAGGTAATGGTCTGCTATTGAAGATATTTCATAACGATGGAACAGCAACGGAATTTAACCGCTTCTCACAANTTGCTTCTTTTTCATCGTCTAGTGCGCCTTCGGTCACCGCACCATTCAGGGCAGAACTGAGTGCGAACCCGGCAGAAACGGTTGTTGAGGGACCGTTTAGTAAAg > 2:608940/1‑300 (MQ=255) gagaCGTTTAGCGTAGTCATGACCAAAGATCCGGGTGCGGCCTGTACTGAGCAGTTTAATATTTTAGGGAGTTTTTTCACTACGGATATTTTGAGTGATTATAGCCATCTGGATATAGGTAATGGTCTGCTATTGAAGATATTTCATAACGATGGAACAGCAACGGAATTTAACCGCTTCTCACAATTTGCTTCTTTTTCATCGTCTAGTGCGCCTTCGGTCACCGCACCATTCAGGGCAGAACTGAGTGCGAACCCGGCAGAAACGGTTGTTGAGGGAcctgtctcttatacacatctc > 2:443369/1‑281 (MQ=255) gagaCGTTTAGCGTAGTCATGACCAAAGATCCGGGTGCGGCCTGTACTGAGCAGTTTAATATTTTAGGGAGTTTTTTCACTACGGATATTTTGAGTGATTATAGCCATCTGGATATAGGTAATGGTCTGCTATTGAAGATATTTCATAACGATGGAACAGCAACGGAATTTAACCGCTTCTCACAATTTGCTTCTTTTTCATCGTCTAGTGCGCCTTCGGTCACCGCACCATTCAGGGCAGAACTGAGTGCGAACCCGGCAGAAACGGTTGTTGAGGGACCGTTTAGTAAAGACGTAATc < 1:398795/300‑1 (MQ=255) | CCGCAATTATCAGTAACTTTTCCAGTACGAGTGCAGCTATATATTAAGCTAGCTAAAAATGCCAATAAAGTAAATAAAAAACTTGTATTACCTGACGAATATATAGCACTTGAATTTAAAGGTATGAGCGGAGCAGGTGCTATAGAAGTAGATAAAAATCTGACCTTCAGGATTCGCGGATTAAATAACATTCATGTCCTTGACTGCTTTGTTAATGTTGATCTGGAACCAGCTGATGGCGTTGTCGACTTTGGTAAAATAAATTCCCGAACAATTAAAAATACCAGCGTGAGTGAGACGTTTAGCGTAGTCATGACCAAAGATCCGGGTGCGGCCTGTACTGAGCAGTTTAATATTTTAGGGAGTTTTTTCACTACGGATATTTTGAGTGATTATAGCCATCTGGATATAGGTAATGGTCTGCTATTGAAGATATTTCATAACGATGGAACAGCAACGGAATTTAACCGCTTCTCACAATTTGCTTCTTTTTCATCGTCTAGTGCGCCTTCGGTCACCGCACCATTCAGGGCAGAACTGAGTGCGAACCCGGCAGAAACGGTTGTTGAGGGACCGTTTAGTAAAGACGTAATC > NC_000913/3191082‑3191675 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |