| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,638,240 | G→A | L21L (TTG→TTA) | creD → | putative inner membrane protein CreD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,638,240 | 0 | G | A | 98.7% | 266.2 / NA | 77 | L21L (TTG→TTA) | creD | putative inner membrane protein CreD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (35/41); minor base C (1/0); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGAACGCTTTTACTCTTTGCCTCGTGCAAATGGGCAAAAAAGCAGCGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGTCGCCCGTTTGTTTAACGGCGAAGTCACGCTGCGCAACGTGCAGGAAGGTGGCGTGCTGGCCTCGCTTCGACTTCACCGTCACTTCACATAGCTTCAAATTCTTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGATTCGGCAGGTGATTGTCGAACGTGCTGATTACCGTAGCGATGTGGAAGATGCGATTCGCCAAAGTACCAGCGGGCCGCAAAAACTCGTTGGGCCGCTCATCGCTATTCCTGTGACCGAGCTTTATACGGTGCAGGAAGAGGATAAAACCGTGGAGCGGAAACGAAGTTTTATCCATTTTTGGTTACCTGAGTCATTGATGGTTGATGGCAATCAGAACGTGGAAGAACGCAAGATAGGGATTTATACCGGTCAGGTCTGGCACAGTGATTTAACGTTAA > NC_000913/4637954‑4638535 | ttGAACGCTTTTACTCTTTGCCTCGTGCAAATGGGCAAAAAAGCAGCGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGTCGCCCGTTTGTTTAACGGCGAAGTCACGCTGCGCAACGTGCAGGAAGGTGGCGTGCTGGCCTCGCTTCGACTTCACCGTCACTTCACATAGCTTCAAATTCTTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTAATTCCGATAATGc < 1:403072/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |