| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,915,731 | G→A | A81V (GCC→GTC) | atpC ← | ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,915,731 | 0 | G | A | 98.9% | 305.8 / NA | 90 | A81V (GCC→GTC) | atpC | ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (48/41); minor base C (1/0); total (49/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTTTGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGGCCAGAACGGTCACGTTGCCAGGCTGCACTTCAAGAATGCCGCCAGACAGATAGATAAACTCTTCGTGACCGTGCTGTTTCACGATGCGAATCATACCAGGCTTAATGGCGGTGAGCAGCGGTGCGTGGCCAGGGTAGATCCCCAGTTCACCTTCGCTACCCGTTACCTGGATTTTCTCGACCAGACCAGAGAACATTTGTTGCTCTGCGCTGACGACGTCCAGGTGGTAAGTCATTGCCATATCACCCTCCGATTAAGGCGTTAAAGTTTTTTGGCTTTTTCCACAGC > NC_000913/3915436‑3916019 | gAAAACAGGGGGTTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACTGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTTGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTTTTACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTTTGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACTTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCTTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAg < 2:145008/300‑1 (MQ=255) aaaCAGGGGGTTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGTACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGTTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTTTGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAGaa < 2:198442/300‑1 (MQ=255) aaCAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTTTGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAGAAc < 2:703057/300‑1 (MQ=255) ggTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACTCGATAACGCGCAGCTGCGCGATCGCTTTGGCCAGTTCCGCAGACGCCTGAGCGTAATCTACGTCGCCGTGAGAGCTGCTAATGTGCTCTTCAGCCTTACGTTTCGCTTCCATGGCTCGCGCTTCGTCGAGATCCTGGCCGCGAATTGCGGTGTCGACCAGAACGGTCACGt > 1:425533/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |