Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,295,290 | G→A | A631T (GCA→ACA) | lpoA → | outer membrane lipoprotein ‑ activator of MrcA activity |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,295,290 | 0 | G | A | 98.7% | 269.8 / NA | 79 | A631T (GCA→ACA) | lpoA | outer membrane lipoprotein ‑ activator of MrcA activity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (48/30); minor base C (1/0); total (49/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTCGATGCGGTGTACATTGTGGCAACGCCGGGTGAAATCGCTTTTATCAAACCGATGATCGCCATGCGTAACGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGATTAACAGGAACTTATCATGGCTACAGTACCAACAAGGTCAGGTAGTCCCCGTCAGTTAACCACCAAACAGACCGGCGATGCGTGGGAAGCACAAGCGCGTCGCTGGCTGGAAGGCAAAGGACTGCGGTTTATCGCCGCTAACGTGAACGAGCGTGGCGGCGAGATCGATCTGATAATGCGTGAAGGCCGGACCACCATT > NC_000913/3295001‑3295576 | tgtCGATGCGGTGTACATTGTGGCAACGCCGGGTGAAATCGCTTTTATCAAACCGATGATCGCCATACGTAACGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCAttt > 1:417448/1‑300 (MQ=255) cGGTGTACATTGTGGCAACGCCGGGTGAAATCGCTTTTATCAAACCGATGATCGCCATACGTAACGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACaaa < 1:225218/300‑1 (MQ=255) ggTGTACATTGTGGCAACGCCGGGTGAAATCGCTTTTATCAAACCGATGATCGCCATACGTAACGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAAt > 1:272122/1‑300 (MQ=255) ggTGTACATTGTGGCAACGCCGGGTGAAATCGCTTTTATCAAACCGATGATCGCCATACGTAACGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAAt > 2:659967/1‑300 (MQ=255) 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tATCAAACCGATGATCGCCATACGTAACGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATAc < 1:638241/300‑1 (MQ=255) tCAAACCGATGATCGCCATACGTAACGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCg < 1:310963/300‑1 (MQ=255) tataagagacagaCGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACgg < 1:45088/288‑1 (MQ=255) 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agtggTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGGACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGTAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGAt < 2:98262/297‑1 (MQ=255) aaCGTTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGTAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTTGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACCGGCTCACATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGAt < 2:128770/300‑1 (MQ=255) aaCGTTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGTAGATGGAAGGCTTGCAGGACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTTACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCGTTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGAt < 2:128771/300‑1 (MQ=255) aaCGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGTAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGAt < 2:436437/300‑1 (MQ=255) aCGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCtgtctcttata > 2:44983/1‑290 (MQ=255) aCGGTAGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGAAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGATAACACGGAtt > 2:196000/1‑300 (MQ=255) 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aGCCAGAGCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCNACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGNGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACACGGATTGCGTg > 2:510588/1‑300 (MQ=255) agCGGTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGATTAAc < 1:598554/300‑1 (MQ=255) gTGCAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGACAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGATTAACAGGa > 1:672221/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |