| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,991,238 | G→T | intergenic (‑878/‑30) | yqeK ← / → ygeG | protein YqeK/TPR repeat‑containing putative chaperone YgeG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,991,238 | 0 | G | T | 99.4% | 557.7 / NA | 155 | intergenic (‑878/‑30) | yqeK/ygeG | protein YqeK/TPR repeat‑containing putative chaperone YgeG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (62/92); minor base C (1/0); total (63/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAAAACAACTAATGATGTTATTAGTTTGTAGTGAACAGTACTTTTACCAATAATGAAAAATATACCATAAGCAATGCAAGCTTAAAACTCATAATTTAAAAAAGATAAATATAAAAATATCAATGAGTCAATCAATAATAATTTGGCATCACGAGACACATCACAGAGGAATATTATGAGCACAGAAACAATTGAAATATTCAATAATAGTGATGAATGGGCAAATCAACTAAAACACGCATTATCGAAAGGAGAAAATCTGGCATTACTACATGGTTTAACTCCTGATATCCTTGATAGAATATATGCATATGCATTCGACTACCATGAAAAGGGTAATATAACGGACGCAGAAATTTATTATAAATTCTTGTGCATTTATGCGTTCGAAAATCATGAGTATCTAAAAGATTTTGCATCAGTATGTCAGCCCAAAAAG > NC_000913/2990944‑2991531 | gAAAAAAACAAACGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATATTAGTAAAACAACTAATGATGTTATTAGTTTGTAGTGAACAGTACTTTTACCAATAATGAAAAATATACCATAAGCAATGCAAGCTTAAAACTCATAATTTAAAAAAGATAAATATAAAAATATCAATGAGTCAATCAATAATAATTTGtcatca > 1:103614/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |