| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,365,840 | 0 | T | G | 28.5% | 193.8 / 18.5 | 130 | intergenic (‑220/‑70) | ais/arnB | putative lipopolysaccharide core heptose(II)‑phosphate phosphatase/UDP‑4‑amino‑4‑deoxy‑L‑arabinose aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/50); new base G (0/37); total (43/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGT‑TAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGACAGGTATTCAATGGCGGAAGGAAAAGCAATGTCAGAATTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGT > NC_000913/2365546‑2366129 | ggCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGNGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAATTTCAANATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGT‑TAAGTTAATATTCTATCCTTAAAAt > 2:689822/1‑300 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GGCAATTGCAGCGAGCGCCAGTAAAATGATGATATATTTTTTTGACTTCAACGAAGAGCGGCAAAAAGCTAACACGTAAACTCCACCTATAGACAAGCGCAACCAGACAATTACCGTGAAATTGAGCTACATTTCTGGCGATAATTCGCAGTTGGTGTAATATTAAAAATCCTACGATGTCGGCAAAATGCCTCAAAATTTTGCCAAATGCAAAGCCTAAATAAGAAAAAATATAAAAATTTCAATATTTACGTCTAATATTAGTTTCTTAAGGT‑TAAGTTAATATTCTATCCTTAAAATTTCGCTCCAAATGGCAAAATATACACAACACTCTTTATAGCAAATATAAGTGGACAGGTATTCAATGGCGGAAGGAAAAGCAATGTCAGAATTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGT > NC_000913/2365546‑2366129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |