| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,371,391 | C→T | S392S (AGC→AGT) | ycjM → | glucosylglycerate phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,371,391 | 0 | C | T | 98.9% | 325.5 / NA | 92 | S392S (AGC→AGT) | ycjM | glucosylglycerate phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (46/45); total (46/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTACGGGGCTTGTTGCCTGAAAGCGAAATATTAGAGCTGGTCGAGGCGTTACAGCAGGAAGGTGCATTAGTAAACTGGAAAAATAATCCCGACGGTACACGCAGTCCGTATGAAATAAATGTGACCTATATGGATGCGTTAAGCCGCCGTGAGAGTAGCGATGAAGAACGTTGCGCCAGGTTTATCCTTGCCCATGCGATTTTGTTAAGTTTCCCCGGTGTGCCAGCGATATATATTCAAAGTATTCTTGGCTCGCGTAATGATTACGCAGGTGTCGAAAAACTCGGATATAACCGTGCGATTAACCGTAAAAAATATCACAGTAAAGAGATAACCCGAGAACTGAACGATGAAGCTACATTAAGGCATGCGGTATATCATGAGTTGTCGCGTTTAATTACACTTCGTCGCAGCCATAACGAGTTTCATCCGGATA > NC_000913/1371099‑1371683 | aGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTACGGGGCTTGTTGCCTGAAAGCGAAATATTAGAGCTGGTCGAGGCGTTACAGCAGGAAGGTGCATTAGTAAACTGGAAAAATAATCCCGACGGTACACGCAGTCCGTATGAAATAAATGTGACCTATATGGATGCGTTAAGTCGCCGTg < 2:617822/300‑1 (MQ=255) ttCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTACGGGGCTTGTTGCCTGAAAGCGAAATATTAGAGCTGGTCGAGGCGTTACAGCAGGAAGGTGCATTAGTAAACTGGAAAAATAATCCCGACGGTACACGCAGTCCGTATGAAATAAATGTGACCTATATGGATGCGTTAAGTCGCCGTgag < 1:461530/300‑1 (MQ=255) cACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTACGGGGCTTGTTGCCTGAAAGCGAAATATTAGAGCTGGTCGAGGCGTTACAGCAGGAAGGTGCATTAGTAAACTGGAAAAATAATCCCGACGGTACACGCAGTCCGTATGAAATAAATGTGACCTATATGGATGCGTTAAGTCGCCGTGAGAGTAGCGATgaag > 1:519993/1‑300 (MQ=255) cTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTACGGGGCTTGTTGCCTGAAAGCGAAATATTAGAGCTGGTCGAGGCGTTACAGCAGGAAGGTGCATTAGTAAACTGGAAAAATAATCCCGACGGTACACGCAGTCCGTATGAAATAAATGTGACCTATATGGATGCGTTAAGTCGCCGTGAGAGTAGCGATgaagaa > 1:503364/1‑300 (MQ=255) tGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTTAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTACGGGGCTTGTTGCCTGAAAGCGAAATATTAGAGCTGGTCGAGGCGTTACAGCAGGAAGGTGCATTAGTAAACTGGAAAAATAATCCCGACGGTACACGCAGTCCGTATGAAACAAATGTGACCTATATGGATGCGTTAAGTCGCCGTGAGAGTAGCGATGAAGAAc < 2:159573/300‑1 (MQ=255) tGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTACGGGGCTTGTTGCCTGAAAGCGAAATATTAGAGCTGGTCGAGGCGTTACAGCAGGAAGGTGCATTAGTAAACTGGAAAAATAATCCCGACGGTACACGCAGTCCGTATGAAATAAATGTGACCTATATGGATGCGTTAAGTCGCCGTGAGAGTAGCGATGAAGAAc < 2:722133/300‑1 (MQ=255) gTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTACGGGGCTTGTTGCCTGAAAGCGAAATATTAGAGCTGGTCGAGGCGTTACAGCAGGAAGGTGCATTAGTAAACTGGAAAAATAATCCCGACGGTACACGCAGTCCGTATGAAATAAATGTGACCTATATGGATGCGTTAAGTCGCCGTGAGAGTAGCGATGAAGAACGt > 1:778443/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |