| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,103,599 | G→T | intergenic (‑403/‑352) | csgD ← / → csgB | DNA‑binding transcriptional dual regulator CsgD/curlin, minor subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,103,599 | 0 | G | T | 98.5% | 485.8 / ‑3.3 | 138 | intergenic (‑403/‑352) | csgD/csgB | DNA‑binding transcriptional dual regulator CsgD/curlin, minor subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (70/65); total (71/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GCCCTAAATGGGTAAAATATAAAACTAATGGATTACATCTGATTTCAATCTAGCCATTACAAATCTTAAATCAAGTGTTAAACATGTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGCACAATTTTAAAAAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGTGGACAATTTTTTACTGCAAAAAGACGAGGTTTGTCACGGCTTGTGCGCAAGACATATCGCAGCAATCAGCGACGGGCAAGAAGAATGACTGTCTGGTGCTTTTTGATAGCGGAAAACGGAGATTTAAAAGAAAACAAAATATTTTTTTGCGTAGATAACAGCGTATTTACGTGGGTTTTAATACTTTGGTATGAACTAAAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTA > NC_000913/1103304‑1103892 | gCCCTAAATGGGTAAAATATAAAACTAATGGATTACATCTGATTTCAATCTAGCCATTACAAATCTTAAATCAAGTGTTAAACATGTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGCACAATTTTAAANAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGTGTACaa > 1:565721/1‑300 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GCCCTAAATGGGTAAAATATAAAACTAATGGATTACATCTGATTTCAATCTAGCCATTACAAATCTTAAATCAAGTGTTAAACATGTAACTAAATGTAACTCGTTATATTAAAATGTTAACCTTAAGGTTTTATTAAGTTTAGAAATGATAGAAAAGTTGTACATTTGGTTTTTATTGCACAATTTTAAAAAATCATACAAATGGTGATAACTTACTAATAATGCATATAAAAAATATTTCGGTGTAGTCCTTTCGTCATGTAAAACGTTCTTGTTTTTTCTCCACACCTCCGTGGACAATTTTTTACTGCAAAAAGACGAGGTTTGTCACGGCTTGTGCGCAAGACATATCGCAGCAATCAGCGACGGGCAAGAAGAATGACTGTCTGGTGCTTTTTGATAGCGGAAAACGGAGATTTAAAAGAAAACAAAATATTTTTTTGCGTAGATAACAGCGTATTTACGTGGGTTTTAATACTTTGGTATGAACTAAAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTA > NC_000913/1103304‑1103892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |