| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,360,965 | 0 | C | A | 26.9% | 364.3 / 31.1 | 175 | E324* (GAG→TAG) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/84); new base A (47/0); total (91/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCA > NC_000913/4360669‑4361263 | tATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTg < 1:227696/300‑1 (MQ=255) 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tggggcctctcCTGCATTCTTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTGGAACCATCTGCATTGTCTACCACTTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGNACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCANAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGcc < 2:555293/293‑1 (MQ=255) aGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGccacc > 1:505172/1‑300 (MQ=255) cGTCTACTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTANCAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCaa > 1:554275/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |