| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,128,813 | Δ2 bp | coding (142‑143/1161 nt) | metB → | O‑succinylhomoserine(thiol)‑lyase/O‑ succinylhomoserine lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,128,812 | 0 | G | . | 97.9% | 486.3 / ‑1.1 | 97 | coding (141/1161 nt) | metB | O‑succinylhomoserine(thiol)‑lyase/O‑ succinylhomoserine lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base . (49/46); total (49/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGATAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGACAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCTACGGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAAGGCGATGAACAGGCATTACGGGCAGCGCTGGCAGAAAAACCCAAACTGGTACTGGTAGAA > NC_000913/4128522‑4129103 || gTGATAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTACTCAATCTATACGCCAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGACAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTCACGGATTTAATGAACCGCGCGCGTCTGATTACT‑‑CGTCGCGGCaa > 2:470202/1‑300 (MQ=255) aaCGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGACAAAGCCCATGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTc < 2:125306/300‑1 (MQ=255) aaCGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGACAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTc < 1:431237/300‑1 (MQ=255) cGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGACAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAg < 1:746363/300‑1 (MQ=255) 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gATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCTACGGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAAGGCGATGAACAGGCATTACGGGCAGCGCTGGCAGaaaaa > 2:453230/1‑300 (MQ=255) gcgcgcgcATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCTACGGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAAGGCGATGAACAGGCATTACGGGCAGCGCTGGCAGAAAAACCCAAactggtac < 2:353543/300‑1 (MQ=255) gcgcgcgcATGAGTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCTGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCTACGGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAAGGCGATGAACAGGCATTACGGGCAgcgcctgtctcttatacacatctcgcag < 1:621291/300‑25 (MQ=255) acgcgcgcATAATTACT‑‑CTTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGNCTTTTTTAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCGACTGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAATGCGATGAACAGGCATTACGGGCAGCGCTGGCAGAAAAACCCAAactggtac < 2:183692/299‑1 (MQ=255) cATGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCTACGGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAAGGCGATGAACAGGCATTACGGGCAGCGCTGGCAGAAAAACCCAAACTGGTACTGGTAGa > 1:210643/1‑300 (MQ=255) aTGATTACT‑‑CGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCTACGGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAAGGCGATGAACAGGCATTACGGGCAGCGCTGGCAGAAAAACCCAAACTGGTACTGGTAGaa < 1:693391/300‑1 (MQ=255) || GTGATAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGATGTATTGACGTCCATTAACACAATGTTTACTCTGGTGCCTGACATTTCACCGACAAAGCCCAGGGAACTTCATCACATGACGCGTAAACAGGCCACCATCGCAGTGCGTAGCGGGTTAAATGACGACGAACAGTATGGTTGCGTTGTCCCACCGATCCATCTTTCCAGCACCTATAACTTTACCGGATTTAATGAACCGCGCGCGCATGATTACTCGCGTCGCGGCAACCCAACGCGCGATGTGGTTCAGCGTGCGCTGGCAGAACTGGAAGGTGGTGCTGGTGCAGTACTTACTAATACCGGCATGTCCGCGATTCACCTGGTAACGACCGTCTTTTTGAAACCTGGCGATCTGCTGGTTGCGCCGCACGACTGCTACGGCGGTAGCTATCGCCTGTTCGACAGTCTGGCGAAACGCGGTTGCTATCGCGTGTTGTTTGTTGATCAAGGCGATGAACAGGCATTACGGGCAGCGCTGGCAGAAAAACCCAAACTGGTACTGGTAGAA > NC_000913/4128522‑4129103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |