| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 781222 | 50 (0.490) | 9 (0.120) | 7/446 | 5.8 | 19.5% | noncoding (76/76 nt) | lysY | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 781653 = | 37 (0.480) | intergenic (+1/‑432) | lysQ/nadA | tRNA‑Lys/quinolinate synthase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGG‑TAACA‑CCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGA‑CCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGAC > NC_000913/780948‑781514 | tgtAGGATAAAGTTGCGGCAACAACGGTACGTAGGGAGAGGGAAGCGGGTCAGCCTGCAAGATATGCAACCAATAACGTTGGGTGCGGGTGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTa < 1:353970/300‑1 (MQ=14) ggATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCg > 1:435204/1‑300 (MQ=255) ggATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTACCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTAAGATGTTAAGCg > 1:761846/1‑300 (MQ=255) gaGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGgcgagcg > 1:386259/1‑300 (MQ=255) cATCCTGCACGACCCACCACTAACGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGTTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAAGTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGagcgaagc < 1:608401/300‑1 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTCACATCAAACTCCGATGTTAAGCGTGAAGGGTCACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGgcgagttacgct > 2:763723/1‑293 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATGACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGagcgaagcg > 1:160699/1‑300 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGagcgaagcg > 1:757858/1‑300 (MQ=255) tGCACGACCCACCACCAACAACGATAGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCACAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTc < 1:24004/300‑1 (MQ=255) aCCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCNTCAACCACCACTCGGGTCGTTAGCTCNGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCAAGCAACGGCAAGTAGGgtgagcagaattcgattcatcc > 2:534109/1‑284 (MQ=17) 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cacTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGNGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCTGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCTGGTCGTTAGCTCAGGTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGAc < 2:601657/300‑1 (MQ=255) ggAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAACCTCAGATGTTAAGTGTGAAGGATAACGTTGCGCAAGCAATGGCACGTAGGGCGAGCGAAGTGAGTCCTCCTGCACGACCCACCAATATTAAAGACTGGca > 1:638937/1‑299 (MQ=14) tagttGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACCCAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGCCAGCACCGGCCCGTAGGGCNAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTaacggttggtccagcgta > 2:601250/4‑284 (MQ=11) agtTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCCGATGTTACGCATGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGTGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGACCCGAGt > 2:408467/1‑300 (MQ=255) gtagtaTCCAGCGCAGTATCGGGTGCTTAGCNCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCAGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCNGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTCAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGGAGGCTAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCCTCCTGCACGCACCACCAATATTCACGATTATCACCGAGTaaaaa > 2:569684/1‑300 (MQ=14) aTCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTCAACACCAAACTCAGATGTTCCGCGTGACGGCTCACGTTACGCCAGCAACGGCACGTAGAGCGAGCGCAGCGAGTCCTCCTGCACGCACCAACAATCTTACAGATTGGACACGAACAAAAATCttt > 1:427022/1‑300 (MQ=14) gcgtaGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAACAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAAACCAGATGTTAAGCGTGGAGGATAACATTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCCGCCTGCACGACCCACCAATCCTAAAGGTTGGcccaggggaaagagtttttaggtt > 2:756655/5‑279 (MQ=1) gcgcAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCCAACTCAGATGTTACTCGTTAAGAGTCACGTTGCGCAAGCACCGGCCCGTAGGGCGAGTGCAGCTGGTCCTCCTGCCCGACCCACCCATCTTAAAGGTTggtccagggtaaacgtctttaaggt > 2:773931/1‑277 (MQ=14) gTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGG‑TAaca‑c < 1:756781/300‑1 (MQ=255) 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tGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGNTCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTAGTCGCAGGTTCGGATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGANCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGG‑TAACA‑CCCGTATgg < 2:743920/300‑1 (MQ=255) gCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTAATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAATAAAAATCTTCCAGG‑TAGCA‑CCCGTCTGGGTCGTTAtctc > 1:762388/1‑300 (MQ=255) ccTCCCNTACAATGAGGGGGGCGGCTGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGNGTCGTTAGCTCAGTTTGTAGAGCAGTTGACGTTTAATCAATTGTTCGCATGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTGAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGG‑TAACA‑CCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGc < 2:665546/300‑1 (MQ=21) 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ggTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGGAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATTTTAAAGAGTGGCCCCGAGTAGAAATCTTTCAGG‑TAACA‑CCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGA‑CCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGt < 2:781094/300‑1 (MQ=255) cTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAACAATCTTTCAAG‑TAACA‑CCCGTATGAGTCGTCAGCTTAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTCATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGAACCCAC‑AAGTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAgg > 1:10979/1‑300 (MQ=38) aCCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGG‑TAACA‑CCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGA‑ACCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGAACGAAGGGTGAGAc > 2:461916/1‑300 (MQ=255) aCCCACCAGTCTTAACACCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACAACCCACCACTCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGG‑TAACA‑CCCGCCTGGGTCGTTAACTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTCATCAATCGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTACGG‑CCCACCAATTTAAAGGGGGTTACTGGTAGCGAACGTGAAGGGTAACGTTgatctagtaacggcaagaagagaaaaga > 2:20599/1‑273 (MQ=37) | TGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTCAGATGTTAAGCGTGAAGGATAACGTTGCGCCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGG‑TAACA‑CCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGA‑CCCACCAATTTAAAGGTGGTTACTGGTAGAGAACGTGAAGGATAACGTTGCGTTAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGAC > NC_000913/780948‑781514 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |