| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,202,004 | 0 | C | A | 26.3% | 146.1 / 55.2 | 76 | G38G (GGC→GGA) | cca | fused CCA tRNA nucleotidyltransferase/phosphohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/24); new base A (8/12); total (40/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCATCATGCAATGGTTTATGTATGGCGGTGGCGTGCTGGGGCTTGGCTTGCTGCTCGGTCTGGTACTGCCGCACCTGATCCCAAGCCGCAAACGCAAAGATCGCTGGATGAACTAAATCGCCTTCTTCGTTGCACTGTCTTATTATTAGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAGATGATCTTAAGCGTCGCGATCTGACCATTAATGCGCTGGCCCAGGACGATAACGGCGAGATTATCGACCCGTACAACGGTCTGGGCGATCTGCAAAATCGTCTGTTGCGCCATGTTTCCCCCGCTTTTGGCGAAGATCCGTTA > NC_000913/3201711‑3202289 | atcatcatGCAATGGTTTATGTATGGCGGTGGCGTGCTGGGGCTTGGCTTGCTGNTCGGTCTGGTACTGCCGCACCTGATCCCAAGCCGCAAACGCAAAGATCGCTGGATGAACTAAATCGCCTTCTTCGTTGCACTGTCTTATTATTAGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACNGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGTAGATGCTCGACGCGGGATACcag < 2:652161/300‑1 (MQ=255)atcatcatGCAATGGTTTATGTATGGCGGTGGCGTGCTGGGGCTTGGCTTGCTGCTCGGTCTGGTACTGCCGCACCTGATCCCAAGCCGCAAACGCAAAGATCGCTGGATGAACTAAATCGCCTTCTTCGTTGCACTGTCTTATTATTAGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACcag > 2:379532/1‑300 (MQ=255) tGCAATGGTTTATGTATGGCGGTGGCGTGCTGGGGCTTGGCTTGCTGCTCGGTCTGGTACTGCCGCACCTGATCCCAAGCCGCAAACGCAAAGATCGCTGGATGAACTAAATCGCCTTCTTCGTTGCACTGTCTTATTATTAGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAATACGCCACAGTAGATGCTCGACGCGGGATACCAGCAGGTAg < 1:417469/300‑1 (MQ=255) ggTTTATGTATGGCGGTGGCGTGCTGGGGCTTGGCTTGCTGCTCGGTCTGGTACTGCCGCACCTGATCCCAAGCCGCAAACGCAAAGATCGCTGGATGAACTAAATCGCCTTCTTCGTTGCACTGTCTTATTATTAGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCcgcg > 1:325788/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |