| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 782,194 | 0 | T | G | 28.2% | 182.5 / 14.7 | 103 | L37R (CTA→CGA) | nadA | quinolinate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/27); new base G (0/29); total (47/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GTGCAAGCAACTCTATGTCGGTGGAATTAGGCGTAAAATGACGCATCCTGCACATTAGGCGTAATTCGAGTGACTTTTCCCCACCATTCGACTATCTTGTTTAGCATATAAAACAAATTACACCGATAACAGCGAATATTACGCTAATGTCGGTTTTAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGAACGTAATGCGGTGA‑TGGTTGCCCACTACTATACCGATCCCGAAATTCAACAACTGGCAGAAGAAACCGGTGGCTGTATTTCTGATTCTCTGGAAATGGCGCGCTTCGGTGCAAAGCATCCCGCTTCTACTTTGTTAGTCGCTGGGGTGAGATTTATGGGAGAAACCGCCAAAATTCTCAGTCCGGAAAAAACAATTCTGATGCCGACACTTCAGGCTGAATGTTCACTGGATCTCGGCTGCCCTGTTGAAGAATTTAACGCATTTTGCGATGCCCATCCCGATCGTACTG > NC_000913/781898‑782490 | gtgCAAGCAACTCTATGTCGGTGGAATTAGGNGTAAAATGACGCATCCTGCACATTAGGCGTAATTCGAGTGACTTTTCCCCACCATTCGACTATCTTGTTTAGCATATAAAACAAATTACACCNATAACAGCGAATATTACGCTAATGTCGGTTTTAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTaaa > 2:507179/1‑300 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agaaaaCGTCTGCGAAAAGAACGTAGTGTGGGGA‑TGGTTGCCCACTACTATACCGATCCCGAAATTCAACAACTGGCAGAAGAAACCGGTGGCTGTATTTCTGATTCTCTGGAAATGGCGCGCTTCGGTGCAAAGCATCCCGCTTCTACTTTGTTAGTCGCTGGGGTGAGATTTANGGGAGAAACCGCCAAAATTCTCAGTCCGGAAAAAACAATTCTGATGCCGACACTTCAGGCTGAATGTTCACTGGATCTCGGCTGCCCTGTTGNAGAATTTAACGCATTTTGCGATGCCCATccc < 2:512455/298‑1 (MQ=255) aaaCGTCTGCTAAAAGAACGGAATGCGGTGA‑TGGTTGCCCACTACTATACCGATCCCGAAATTCAACAACTGGCAGAAGAAACCGGTGGCTGTATTTCTGATTCTCTGGAAATGGCGCGCTTCGGTGCAAAGCATCCCGCTTCTACTTTGTTAGTCGCTGGGGTGAGATTTATGGGAGAAACCGCCAAAATTCTCAGTCCGGAAAAAACAATTCTGATGCCGACACTTCAGGCTGAATGTTCACTGGATCTCGGCTGCCCTGTTGAAGAATTTAACGCATTTTGCGATGCCCATCCCGAt < 1:644558/300‑1 (MQ=255) tgttAAAAGAACGGAGTGAGGTGG‑TGGTTGCCCACTACTATACCGATCCCGAAATTCAACAACTGGCAGAAGAAACCGGTGGCTGTATTTCTGATTCTCTGGAAATGGCGCGCTTCGGTGCAAAGCATCCCGCTTCTACTTTGTTAGTCGCTGGGGTGAGATTTATGGTAGAAACCGCCAAAATTCTCAGTCCGGAAAAAACAATTCTGATGCCGACACTTCAGGCTGAATGTTCACTGGATCTCGGCTGCCCTGTTGAAGAATTTAACGCATTTTGCGATGCCCATCCCGATCGTACTg < 2:293781/297‑1 (MQ=255) | GTGCAAGCAACTCTATGTCGGTGGAATTAGGCGTAAAATGACGCATCCTGCACATTAGGCGTAATTCGAGTGACTTTTCCCCACCATTCGACTATCTTGTTTAGCATATAAAACAAATTACACCGATAACAGCGAATATTACGCTAATGTCGGTTTTAACGTTAAGCCTGTAAAACGAGATGGTAAGATGAGCGTAATGTTTGATCCAGACACGGCGATTTATCCTTTCCCCCCGAAGCCGACGCCGTTAAGCATTGATGAAAAAGCGTATTACCGCGAGAAGATAAAACGTCTGCTAAAAGAACGTAATGCGGTGA‑TGGTTGCCCACTACTATACCGATCCCGAAATTCAACAACTGGCAGAAGAAACCGGTGGCTGTATTTCTGATTCTCTGGAAATGGCGCGCTTCGGTGCAAAGCATCCCGCTTCTACTTTGTTAGTCGCTGGGGTGAGATTTATGGGAGAAACCGCCAAAATTCTCAGTCCGGAAAAAACAATTCTGATGCCGACACTTCAGGCTGAATGTTCACTGGATCTCGGCTGCCCTGTTGAAGAATTTAACGCATTTTGCGATGCCCATCCCGATCGTACTG > NC_000913/781898‑782490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |