| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3648068 | 106 (1.280) | 4 (0.050) | 4/584 | 7.5 | 3.6% | noncoding (6/82 nt) | agrA | small RNA AgrA |
| ? | NC_000913 | 3648300 = | 110 (1.360) | noncoding (7/82 nt) | agrB | small regulatory RNA AgrB | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTGAAGAAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTCTGCACTTACACATTCGTTAAGTCATATATGTTTTTGACTTATCCGCTTCGAAGAGAGACACTACCTGCAACAATCAGGAGCGCAATATGTCATTTCTGTTACCCATCCAATTGTTCAAAATTCTTGCTGATGAAACCCGTCTGGGCATCGTTTTAC > NC_000913/3648007‑3648597 | gTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCAAG‑CTGACGCAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACCGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAAct > 2:381311/1‑300 (MQ=255) 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tCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTAAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTGAAGAAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCaga > 1:345443/1‑300 (MQ=255) ccTTTCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTGAAGAAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCagag < 2:500329/300‑1 (MQ=255) cTTGCAGTAGTTTCAGTATGGTATTAGCAGTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGTAAAGTAAAAAGCCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTGAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCAATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTTAAGAAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACTGGCGAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGc < 2:52851/300‑1 (MQ=255) cTTGCAATATTTTCAGTATGGTAGTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTGAAGAAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGc < 2:218316/300‑1 (MQ=255) tttttatgaTGGTATTAGCAGTGATGCGTTAGGTGATTGCTATCTCGCTTTAGGCGGAGCCGTCAGCGCAGGGCTGGAGAGTGGAAAGCCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATTCGGAGTCGGACAAGGCCGAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATAGAAATC‑GTCACTGTGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CGTAAGAAAGCGCTAATTTTTG‑CAATGGTAGCCACTGGCTAAGAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTc < 2:504586/292‑1 (MQ=255) gTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGGAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTTAAGAAATCGCTAGTTCTTG‑CAATGTTAGCCACTTGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTc < 1:432228/300‑1 (MQ=255) 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ggTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTGAAGAAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGGTAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCAAGAGCCAACAACTCCGGGCTGGaa > 2:292799/1‑300 (MQ=255) ggTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTGAAGAAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGaa < 1:291795/300‑1 (MQ=255) ggTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGANTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTTAAGAAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGaa < 1:463451/300‑1 (MQ=255) 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gTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCAAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTCTGCACTTACACATTCGTTAAGTCATATATGTTTTTGACTTATCCGCTTCGAAGAGAGACACTACCTGCAACAATCAGGAGCGCAATATGTCATTTCTGTTACCCATCCAATTGTTCAACATTCTTGCTGCTGAAACCAGTc > 2:234709/1‑300 (MQ=255) gAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTCTGCACTTACACATTCGTTAAGTCATATATGTTTTTGACTTATCCGCTTCGAAGAGAGACACTACCTGCAACAATCAGGAGCGCAATATGTCATTTCTGTTACCCATCCAATTGTTCAAAATTCTTGCTGATGAAACCCGTCTGGGc > 1:579242/1‑300 (MQ=255) gCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTCTGCACTTACACATTCGTTAAGTCATATATGTTTTTGACTTATCCGCTTCGAAGAGAGACACTACCTGCAACAATCAGGAGCGCAATATGTCATTTCTGTTACCCATCCAATTGTTCAAAATTCTTGCTGATGAAACCCGTCTGGGCAt > 1:559144/1‑300 (MQ=255) aTAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTCTGCACTTACACATTCGTTAAGTCATATATGTTTTTGACTTATCCGCTTCGAAGATAGACACTACCTGCAACAATCAGGAGCGCAATATGTCATTTCTGTTACCCATCCAATTGTTCAAAATTCTTGCTGATGAAACCCGTCTGGGCATCGTTTTAc < 1:130214/300‑1 (MQ=255) aTAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTCTGCACTTACACATTCGTTAAGTCATATATGTTTTTGACTTATCCGCTTCGAAGAGAGACACTACCTGCAACAATCAGGAGCGCAATATGTCATTTCTGTTACCCATCCAATTGTTCAAAATTCTTGCTGATGAAACCCGTCTGGGCATCGTTTTAc < 1:295365/300‑1 (MQ=255) aTAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAAGAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTCTGCACTTACACATTCGTTAAGTCATATATGTTTTTGACTTATCCGCTTCGAAGAGAGACACTACCTGCAACAATCAGGAGCGCAATATGTCATTTCTGTTACCCATCCAATTGTTCAAAATTCTTGCTGATGAAACCCGTCTGGGCATCGTTTTAc < 1:103661/300‑1 (MQ=255) | GTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGGCTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATC‑GTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAG‑CTGAAGAAATCGCTAATTCTTG‑CAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACT‑CTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTCTGCACTTACACATTCGTTAAGTCATATATGTTTTTGACTTATCCGCTTCGAAGAGAGACACTACCTGCAACAATCAGGAGCGCAATATGTCATTTCTGTTACCCATCCAATTGTTCAAAATTCTTGCTGATGAAACCCGTCTGGGCATCGTTTTAC > NC_000913/3648007‑3648597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |