| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 780733 | 83 (0.840) | 3 (0.030) +TGACGGTGGGTTCGGTGGAAG |
3/556 | 9.5 | 3.8% | intergenic (+104/‑32) | lysT/valT | tRNA‑Lys/tRNA‑Val |
| ? | NC_000913 | 780740 = | 80 (0.810) | intergenic (+111/‑25) | lysT/valT | tRNA‑Lys/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAGTGATCTACATCGAAATTTTTGTTGCGCTCAAGTCTGAAATCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA‑CCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGT > NC_000913/780452‑781027 | gAGTGATCTACATCTAAATTTTTGTTGCGCTCAAGTCTTAAATCAGTAATATATGCCGCCGTGGCCACGGGATATCAAACAAACCGAACGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCGGCACGACCCACCAATCGCTAAAGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACTAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTgtagtac < 2:477221/300‑2 (MQ=255) gATCTACATCGAAATTTTTGTTGCGCTCAAGTCTGAAATCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAg > 2:707827/1‑300 (MQ=255) gATCTACATCGAAATTTTTGTTGCGCTCAAGTCTGAAATCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATACAg > 2:751621/1‑300 (MQ=255) cTACATCGAAATCTTTTTTGCGCTCAAGTCTGAAATCAGTAACATATGCCGCCGTTGCCACGGAATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGATCAGTTGACTTTTAAGCAATTGGCCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGGAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGATGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGGTGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCgt < 2:75797/300‑1 (MQ=255) tCGAAATTTTTGTTGCGCTCAAGTCTGAAATCGGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTAt < 2:232653/300‑1 (MQ=255) tCGAAATTTTTGTTGCGCTCAAGTCTGAAATCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTAt < 1:698241/300‑1 (MQ=255) tCGAAATTTTTGGTGCGCTCAAGTCTGAAATCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCGCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTAt < 2:159278/300‑1 (MQ=255) tCGAAAGTTTTGTTGCGCTCAAGTCTGAAATCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCGCGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGACTCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGNTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTNACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTAt < 2:540067/300‑1 (MQ=255) gcgcTCAAGTCTGAAATCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTc < 2:769008/300‑1 (MQ=255) gcTCAAGTCTGAAATCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACNGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCNACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAg > 2:727220/1‑300 (MQ=255) cAAGTCTTAAATCAGTAATATATGCCGCCTTTGCCACTGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGGTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTg < 2:69517/300‑1 (MQ=255) tCTGAAATCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGgag < 1:437361/300‑1 (MQ=255) cttaaaTCAGTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACTAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAATTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGTTGATTAGCTCAGCTGGtaga < 2:768390/297‑1 (MQ=255) gTAATATATGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCNCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTccc > 1:527316/1‑300 (MQ=255) tatGCCGCCGTTGCCACTGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGTTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACaa < 2:106784/300‑1 (MQ=255) tatGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACaa < 1:607774/300‑1 (MQ=255) tGCCGCCGTTGCCACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGTTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAagg < 2:3017/300‑1 (MQ=255) ccACGGGATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTcggc < 1:475237/300‑1 (MQ=255) ggATATCAAACAAACCGAAAGCAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATACTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTc > 2:471582/1‑300 (MQ=255) 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cAACGAAAACGGGGGTCGTTAACTCATTTGGTAGAGCAGTTTACTTTTAATCAATTGTTCGCGGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGTTGGAATCGGTAGTAAACCTTTAAGCATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCcaccac < 2:116438/300‑1 (MQ=37) cAACGAAAAAGTGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCcaccac < 1:51863/300‑1 (MQ=255) aaaaatctgttcgttaactcagcggttAGAGCAGTTAACTTTTAATCAATTTGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCTACCAATTACTAAGGTGGAAGCGGTAGGAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCTAAGGGTGAGACGAATTCG‑ATTCATCCTGCACGACCCACCACCAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTTGGATAGCACCTCCCCTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGt < 2:317973/274‑1 (MQ=25) 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tCAGTTGGTAGAGCAGTTTACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAACCGCGAAGATGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCTAAGGGCGAGACGAAATCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTGAGTGGTAGTATCCAGCTTAGTATCGGGTGATGAGCTCAGCTGGGAGAGCACCGCCCCTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCTGGTCGTTAGCTC‑GGTTGGTag < 2:244026/300‑1 (MQ=37) ggTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGGGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCTAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACAGAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCGCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGTTagag < 2:322446/299‑1 (MQ=255) aGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTagag < 1:654262/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |