| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 780629 | 101 (1.020) | 5 (0.070) | 5/446 | 7.1 | 6.8% | noncoding (76/76 nt) | lysT | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 780919 = | 61 (0.830) | intergenic (+1/‑149) | lysW/valZ | tRNA‑Lys/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCC‑GTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA‑CCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCA‑GCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCC > NC_000913/780622‑781218 | aCCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCC‑GTCATCACCCACCACTAGGTCGTTAGCTCCGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTCATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATTCTGTACGACCCA‑CCAGt‑t > 2:10552/1‑300 (MQ=255) cccACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCAGAATTCGCAACCCTAC‑ACACACCCCCCCCCTCACAGAGTTGGTTATATTCCCTATCCTCGTCTCAGGTTCTCCGCGCAGGTGTAGGAGCCCCTACCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTAGATCCC‑GTAATCACCCACCAACGGGTCGTTAGCTTAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGAAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA‑CCAAt‑tt > 1:126177/1‑300 (MQ=2) ccaAGCGCTAAGGTGTAAGCGGTAGTAAAACGTGAGGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTGGGAGGACCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGTGAGAGCACCTCCCTTACAATGAGGTGGTCTGCGATTCGATCCC‑GTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA‑CCAGT‑TTTAAc < 2:141033/300‑1 (MQ=21) aaGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCC‑GTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA‑CCAGT‑TTTAACATCGAAGAc < 1:625222/300‑1 (MQ=255) 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aaGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCTTGCACAACCCACCACGAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGCGATTAGCTCAGCTGGTAGAACACCTCCCTTACAATGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCC‑GTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA‑CCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGt < 2:359855/300‑1 (MQ=255) aaGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCC‑GTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA‑CCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGt < 2:483672/300‑1 (MQ=255) aaGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCG‑AGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCC‑GTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA‑CCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGt < 1:468060/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |