| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,948,012 | G→T | intergenic (‑45/‑74) | hdfR ← / → maoP | DNA‑binding transcriptional dual regulator HdfR/macrodomain Ori protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,948,012 | 0 | G | T | 99.3% | 512.0 / ‑2.3 | 138 | intergenic (‑45/‑74) | hdfR/maoP | DNA‑binding transcriptional dual regulator HdfR/macrodomain Ori protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (61/76); minor base . (1/0); total (62/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTGCTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGTGGCGAACGTGAGCCAGTGACAGAAGC > NC_000913/3947723‑3948306 | aCCTCCTTACTGGCGGCCTTCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCATTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGTTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGTTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAATTGACGCGTTCGGCTAACTTCCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTAGGATTTAAATGTTTTTTTTTACActc < 2:112158/300‑1 (MQ=255) 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tAAATGTTTTTTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTGCTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGTGGCGAACGTGAGCCAGTGACa < 1:689080/300‑1 (MQ=255) aaaTGTTTTTTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTGCTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGTGGCGAACGTGAGCCAGTGACAg < 2:387931/300‑1 (MQ=255) gtttttttttACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTACTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGTGGCGAACGTGAGCCAGTGACAGAAGc < 2:129570/300‑1 (MQ=255) | ACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGACTAATCGATATTTCGACAATAAACATTATCCACGTGGATTCTCTCGTCATGGTGATTTCACCATCAAAGAGGCACAACTGCTTGAGCGTCATGGTTATGCCTTCAATGAGTTGGATCTTGGCAAACGCGAGCCGGTTACCGAGGAAGAGAAACTCTTCGTAGCAGTATGCCGTGGCGAACGTGAGCCAGTGACAGAAGC > NC_000913/3947723‑3948306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |