| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,488,121 | C→T | T444M (ACG→ATG) | yhfK → | putative transporter YhfK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,488,121 | 0 | C | T | 98.9% | 339.8 / NA | 90 | T444M (ACG→ATG) | yhfK | putative transporter YhfK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (44/45); total (45/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGCGAATGCCATTACTTCCGGCGCTGAAAAGTTATCTGTCACTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGACGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTACGGCTGGGCGACGGTCGGTTTTACTATTACCGCAGTGTATACCCTGCAACTATTGTGGTTGAACGGCGAGCAATACATCCTTCCGCGTCTTATCGATACCATTATTGGTTGTTTAATTGCTTTCGGCGGTACTGTCTGGCTGTGGCCGCAGTGGCAGAGCGGGTTATTGCGTAAAAACGCCCATGATGCTTTAGAAGCCTATCAGGAAGCGATTCGCTTGATTCTTAGCGAGGATCCGCAAC > NC_000913/3487835‑3488414 | cggcgAATGCCATTACTTCCGGCGCTGAAAAGTTATCTGTCACTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGAtt < 1:604589/300‑1 (MQ=255) ggcgAATGCCATTACTTCCGGCGCTGAAAAGTTATCTGTCACTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTa > 2:102132/1‑300 (MQ=255) ttACTTCCGGCGCTGAAAAGTTATCTGTCACTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGcc < 1:717229/300‑1 (MQ=255) tGAAAAGTTATCTGTCACTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTTTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACTGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGatat < 2:352215/300‑1 (MQ=255) tGAAAAGTTATCTGTCACTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGatat < 1:285599/300‑1 (MQ=255) tGAAAAGTTATCTGTCACTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTGGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCACCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGTTATTGCTGGTGACATACAATTGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGatat < 2:257076/300‑1 (MQ=255) gTCACTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCAACCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTa > 2:295910/1‑300 (MQ=255) gTCACTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTAAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGATGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCAGAAGATTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCAACCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTa > 2:296844/1‑300 (MQ=255) cTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCNTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGNAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTACGGc < 2:500241/300‑1 (MQ=255) cTAAAGTCTCCGGCGCTACGCAATGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTACGGc < 1:676704/300‑1 (MQ=255) 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aTGCCGGACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTACGGCTAGGCGACGGTCGGTTTTACTa < 2:383245/300‑1 (MQ=255) ggACGACTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTACGGCTGGGCGACGGTCGGTTTTACTATTAcc > 1:713582/1‑300 (MQ=255) gacTCAGTGTGATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTACGGCTGGGCGACGGTCGGTTTTACTATTACCGCAg < 2:116686/300‑1 (MQ=255) 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tgATGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTACGGCTGGGCGACGGTCGGTTTTACTATTACCGCAGTGTATAccc < 1:280266/300‑1 (MQ=255) aTGTTAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTACGGCTGGGCGACGGTCGGTTTTACTATTACCGCAGTGTATACCCTg > 2:54913/1‑300 (MQ=255) tAAGCGTTGCCAGCCTGATGGGCACCGCGCTGCATCTGCCGAAGTCGTACTGGATCCTGATGACGGTATTGCTGGTGACACAAAATGGCTATGGCGCAACCCGTCTGAGGATTGTGAATCGCTCCGTGGGAACCGTGGTCGGGTTAATCATTGCGGGCGTGGCGCTGCACTTTAAAATTCCCGAAGGTTACACCCTGATGTTGATGCTGATTACCACCCTCGCCAGCTACCTGATATTGCGCAAAAACTACGGCTGGGCGACGGTCGGTTTTACTATTACCGCAGTGTATACCCTGCAAc < 2:383870/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |