| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ATATTCGCCAGCGCGACTTAATGTTATTGCTTGAGCAACTGGTCACGCTGATCGACGAAGGGTACACTAGCGGAAGTCAGTTAGTTGCCATGCAAAACTATATGCTGCAACGCGGTCATACTGAACAAGCGGATTTGTTTTACGGTGTGTTGAGAGACAGGGAAACGGGAGGGGAGTCTATGATGACGCTGGCGCAGTGGTTTGAAGAGAAAGGGATTGAGAAGGGGATTCAGCAGGGAAGACAGGAAGTAAGTCAGGAATTCGCCCAGCGTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAGCCTTTTTCATTCAGTT > NC_000913/147509‑148101 | atatTCGCCAGCGCGACTTAATGTTATTGCTTGAGCAACTGGTCACGCTGATCGACGAAGGGTACACTAGCGGAAGTCAGTTAGTTGCCATGCAAAACTATATGCTGCAACGCGGTCATACTGAACAAGCGGATTTGTTTTACGGTGTGTTGAGAGACAGGGAAACGGGAGGGGAGTCTATGATGACGCTGGCGCAGTGGTTTGAAGAGAAAGGGATTGAGAAGGGGATTCAGCAGGGAAGACAGGAAGTAAGTCAGGAATTCGCCCAGCGTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAg < 1:316910/300‑1 (MQ=255) 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cttctGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGgcgc > 1:178791/1‑300 (MQ=255) cttctGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCAAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCAAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGgcga > 2:456280/1‑299 (MQ=255) gAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCACGGAAg > 2:193313/1‑300 (MQ=255) gTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGACAAGCCAGGCGGCTAACAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAGca > 1:337894/1‑299 (MQ=255) gTAAAGGAATGTCTAGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGACAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCACGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAGcc > 2:253163/1‑300 (MQ=255) cGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCACGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTAAACATCATTGGCGCGGAAGCCTTCTTCATTCAGtt > 2:60696/1‑300 (MQ=255) | ATATTCGCCAGCGCGACTTAATGTTATTGCTTGAGCAACTGGTCACGCTGATCGACGAAGGGTACACTAGCGGAAGTCAGTTAGTTGCCATGCAAAACTATATGCTGCAACGCGGTCATACTGAACAAGCGGATTTGTTTTACGGTGTGTTGAGAGACAGGGAAACGGGAGGGGAGTCTATGATGACGCTGGCGCAGTGGTTTGAAGAGAAAGGGATTGAGAAGGGGATTCAGCAGGGAAGACAGGAAGTAAGTCAGGAATTCGCCCAGCGTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAGCCTTTTTCATTCAGTT > NC_000913/147509‑148101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |