| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,427,822 | 0 | C | A | 29.0% | 328.1 / 18.7 | 169 | intergenic (‑400/+257) | yjfZ/ytfB | DUF2686 domain‑containing protein YjfZ/cell division protein YtfB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/70); new base A (49/0); total (99/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
AAATAGCGGATGGTGAAAGATATTAATATCAAAAATCGCTCATTATGGATATAACGATGCACCCGGGGAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATATTATTTGATCAACCAGCATACGCTTGGCCTGGTTTATCACATCAGTATGGTTTCACCCCAGGCACTGGAAGCCAGACGTAAGGTCATCAAAGAGACAATCCTTAGCTGGCTTTTGGTTGACCCTTCATCTACCGCGCACGAATAAAACTGCC > NC_000913/4427523‑4428102 | gTGAAAGATATTAATATCAAAAATCGCTCATTATGGATATAACGATGCACCCGGGGAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTTCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAAc < 2:252572/300‑1 (MQ=255) 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ggTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTATTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATATTATTTGATCAACCAGCATACGCTTGGCCTGGTTTATCACATCAGTATGGTTTCACCCCAGGCACTGGAAGCCAGACGTAAGGTCATCAAAGAGACAATCCTTAGCTGGCTTTTGGTTGACCCTTCATCTACCGCGCACGaa > 2:278456/1‑300 (MQ=255) ggTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTATTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCATTATTGGATGAAGGGAAGAAACAAAATATGTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATATTATTTGATCAACCAGCATACGCTTGGCCTGGTTTATCACATCAGTATGGTTTCACCCAAGGCACTGGAAGCCAGACGTAAGGTCATCAAAGAGACAATCCTTAGCTGGCTTTTGGTTGACCCTTCATTTACCGCGCACGaa > 2:247755/1‑300 (MQ=255) gtgCATTATGCAAAATCACAGCGTCTATTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAACCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATCTTATTTGATCAACCAGCATACGCTTGGCCTGGTTTCTCAAATCAGTATGGTTTCACCCCAGGCACTGGAAGCCAGACGTAAGGTCCTCAAAGAGACAATCCCTAGCTGGCTTTTGGTTGACCCCTCATCTACTACGCACGAATaa > 2:259669/1‑300 (MQ=255) 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AAATAGCGGATGGTGAAAGATATTAATATCAAAAATCGCTCATTATGGATATAACGATGCACCCGGGGAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATATTATTTGATCAACCAGCATACGCTTGGCCTGGTTTATCACATCAGTATGGTTTCACCCCAGGCACTGGAAGCCAGACGTAAGGTCATCAAAGAGACAATCCTTAGCTGGCTTTTGGTTGACCCTTCATCTACCGCGCACGAATAAAACTGCC > NC_000913/4427523‑4428102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |