| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,360,965 | 0 | C | A | 29.9% | 328.2 / 30.9 | 157 | E324* (GAG→TAG) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/81); new base A (47/0); total (76/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-20 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAA > NC_000913/4360671‑4361260 | tttGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCa < 1:147863/300‑1 (MQ=255) 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TTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAA > NC_000913/4360671‑4361260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |