| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,436,956 | 2 bp→TT | coding (202‑203/741 nt) | cysQ → | 3'(2'),5'‑bisphosphate nucleotidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,436,956 | 0 | C | T | 96.7% | 95.7 / NA | 30 | P68F (CCC→TTC) | cysQ | 3'(2'),5'‑bisphosphate nucleotidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (15/14); minor base G (0/1); total (15/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,436,957 | 0 | C | T | 100.0% | 89.3 / NA | 30 | P68F (CCC→TTC) | cysQ | 3'(2'),5'‑bisphosphate nucleotidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/15); total (15/15) | |||||||||||
AAAACAATAAGTTAACACCGCTCACAGAGACGAGGTGGAGAAATGTTAGATCAAGTATGCCAGCTTGCACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATGTACAGCGCGGCAGAAGGCAAAGCGTGGAAAGAAGAGTGCGGTGTGCGCAAGCAGATTCAGG > NC_000913/4436713‑4437184 || aacaCAATAAGTTAACACCGCTCCCAGAGACGAGGTGGAGAAATGTTAGATCAAGTATCCCAGCTTGCACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGCAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCAGGTCCTTTCTGAAGAAGCTCCTTTCGGTTg > 2:173830/4‑251 (MQ=255) aaGTTAACACCGCTCACAGAGACGAGGTGGAGAAATGTTAGATCAAGTATGCCAGCTTGCACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGTTGGGAAGTc < 2:82360/250‑1 (MQ=255) tAACACCGCTCACAGAGACGAGGTGGAGAAATGTTAGATCAAGTATGCCAGCTTGCACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGTTGGGAAGTCCGTc < 1:67578/250‑1 (MQ=255) aaCACCGCTCACAGAGACGAGGTGGAGAAATGTTAGATCAAGTATGCCAGCTTGCACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGTTGGGAAGTCCGTCa < 2:5408/250‑1 (MQ=255) 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1:96355/251‑1 (MQ=255) ctcCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGGACTAAAGAGTTTCTTAAACGCAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGTCGTGGTGTATGCGCCg > 2:243520/1‑251 (MQ=255) aaCGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTGCTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATg < 2:193734/250‑1 (MQ=255) aCGGCAGCTGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTTGTGTATGCGCCGGTAATGaa < 2:12521/251‑1 (MQ=255) aGCGGATATTGCCGCTCACAACGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGATCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGATTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTTATTGACCATGGCAAACCGAATTTAGGCGTGGGGCATGCGCCGGTAATGAACgaa > 2:92677/1‑248 (MQ=255) ttACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGGTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATGTACAGCGCGGCAGAAGGCAAAGCGTGGAaagaag < 2:152530/250‑1 (MQ=255) cgtacgCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACACGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCCCCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATGTACAGCGCGGCAGAAGGCAAAGCGTGGAAAGAAGAGTg > 1:183409/1‑251 (MQ=255) ggTCCTTTCTGAAGAAGATCCTTTCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATGTACAGCGCGGCAGAAGGCAAAGCGTGGAAAGAAGAGTGCGGTGTGCGCAAGCAGATTCAgg > 1:6261/1‑251 (MQ=255) || AAAACAATAAGTTAACACCGCTCACAGAGACGAGGTGGAGAAATGTTAGATCAAGTATGCCAGCTTGCACGGAATGCAGGCGATGCCATTATGCAGGTCTACGACGGGACGAAACCGATGGACGTCGTCAGCAAAGCGGACAATTCTCCGGTAACGGCAGCGGATATTGCCGCTCACACCGTTATCATGGACGGTTTACGTACGCTGACACCGGATGTTCCGGTCCTTTCTGAAGAAGATCCTCCCGGTTGGGAAGTCCGTCAGCACTGGCAGCGTTACTGGCTGGTAGACCCGCTGGATGGTACTAAAGAGTTTATTAAACGTAATGGCGAATTCACCGTTAACATTGCGCTCATTGACCATGGCAAACCGATTTTAGGCGTGGTGTATGCGCCGGTAATGAACGTAATGTACAGCGCGGCAGAAGGCAAAGCGTGGAAAGAAGAGTGCGGTGTGCGCAAGCAGATTCAGG > NC_000913/4436713‑4437184 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |