| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,034,648 | 2 bp→GT | coding (41‑42/546 nt) | hemG → | protoporphyrinogen oxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,034,648 | 0 | C | G | 99.0% | 360.7 / ‑6.4 | 96 | T14S (ACG→AGT) | hemG | protoporphyrinogen oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (37/58); total (38/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,034,649 | 0 | G | T | 99.0% | 338.7 / NA | 95 | T14S (ACG→AGT) | hemG | protoporphyrinogen oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (36/58); total (37/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGTCAGTATGCTGGCGATTATCGCCACGGGCGTGGATGACTTTTCTGCCTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAACG‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAACTGGGGATCCAGGCGGATGTCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAAGCGTACTCCACAGACCAACAGCTACGCGCGCAAGTTTCTGATGAAC > NC_000913/4034370‑4034940 || ttGTCAGTATGCTGGCGATTATCGCCACGGGCGTGGATGACTTTTCTGCCTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCt < 2:824682/300‑1 (MQ=255) tGTCAGTATGCTGGCGATTATCGCCACGGGCGTGGATGACTTTTCTGCCTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGNACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTNCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACGTTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATCCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTACTACCTg > 2:562012/1‑300 (MQ=255) gTCAGTATGCTGGCGATTATCGCCACGGGCGTGGATGACTTTTCTGCCTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACANTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCNACCTgg > 2:686535/1‑300 (MQ=255) gCTGGCGATTATCGCCACGGGCGTGGATGACTTTTCTGCCTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCNCTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGaa > 1:576186/1‑300 (MQ=255) aTCGCCACGGGCGTGGATGACTTTTCTGCCTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAAc < 1:525207/300‑1 (MQ=255) cACGGGCGTGGATGACTTTTCTGCCTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAACTgggg < 1:79107/300‑1 (MQ=255) gggCGTGGATGACTTTTCTGCCTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGNGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGNCAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAACTGGGGATc > 2:773416/1‑300 (MQ=255) 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gCCTGTGCGGCGGTTGTTTCGACATTGAATAACCTGGGGTCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGTTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGAGGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAATGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAACTGGGGATCCAGGCGGATGTCGCCAAtg < 2:87817/300‑1 (MQ=255) ccTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGANTGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAANAACTGGGGATCCAGGCGGATGTCGCCAAtgt < 2:599577/300‑1 (MQ=255) ccTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAACTGGGGATCCAGGCGGATGTCGCCAAtgt < 1:843301/300‑1 (MQ=255) tGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAACTGGGGATCCAGGCGGATGTCGCCAATGTGCAc < 1:431688/300‑1 (MQ=255) tGCGTCGGGTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAACTGGGGATCCAGGCGGATGTCGCCAATGTGCAc < 1:513623/300‑1 (MQ=255) gTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGTGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAAGT‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAACTGGGGATCCAGGCGGATGTCGCCAATGTGCACCGc < 2:824812/300‑1 (MQ=255) 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TTGTCAGTATGCTGGCGATTATCGCCACGGGCGTGGATGACTTTTCTGCCTTTGCGTCGGTTGTTGCGACATTGAATAACCTGGGGCCAGGGCTTGGCGTGGTTGCTGATAACTTTACCAGTATGAACCCGGTGGCTAAATGGATCCTGATTGCCAACATGCTGTTTGGTCGTCTCGAGGTCTTTACATTGCTGGTGCTCTTTACCCCGACTTTCTGGCGTGAATGATGGAGTAATACGTGAAAACATTAATTCTTTTCTCAACAAGGGACGGACAAACG‑CGCGAGATTGCCTCCTACCTGGCTTCGGAACTGAAAGAACTGGGGATCCAGGCGGATGTCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAAGCGTACTCCACAGACCAACAGCTACGCGCGCAAGTTTCTGATGAAC > NC_000913/4034370‑4034940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |