| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 968,837 | G→A | D158N (GAT→AAT) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 968,837 | 0 | G | A | 98.8% | 287.4 / NA | 83 | D158N (GAT→AAT) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (50/32); total (50/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAATCCCCATGCATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGCGTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTGGCGATGGCGGGGATTGGGCATCCGCCGCGCTTTTTTGCCACGCTGAAGATGTGTGGCGTACAACC > NC_000913/968563‑969129 | ctggctggTGGAACAGTTGCAATAGCGCGGTATTCGCGTGGTGGTCGTATCGTGGGGATGTGGTGTTAATGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTTCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGTCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGGCGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGTGGAAATTGTCGTTATTGATgg < 2:226881/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |