| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 320,300 | G→A | S25N (AGT→AAT) | rclR → | DNA‑binding transcriptional activator RclR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 320,300 | 0 | G | A | 98.5% | 474.9 / NA | 130 | S25N (AGT→AAT) | rclR | DNA‑binding transcriptional activator RclR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (50/78); total (51/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GTCGAAACGCGTTCATTTGACATCATGACTATAGACGCAAAAGAGCAAATAACATTTCTTCACAACGCTTGATATTTTGTCTTATCGTCTGATATTTTCTTTTTCTTAATCAGAATCACAAAACAAAAATCATGATTAACTATTTGATGGTATTAGATTAGTTATTTACTAAGATTGTTGGTGTTTGTAATCAAAAACCACTCAGGAGTCTGATATGGATGCCCTTAGCCGTTTGTTGATGCTTAACGCTCCACAAGGAACGATCGATAAGAATTGCGTGTTAGGAAGTGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGAGATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCATCGCCTGAGTCATGTCGATAATGAATCGACCTGTATTGTCTGCGGCACTCTTCGGTTGCAACATTCGGCGCGTTATTTTTTAACGTCTTTGCCGGAAACGCTGTTTTTAGCACCGGTTAACCACAGCGTGGAATATAACTGGC > NC_000913/320013‑320593 | gTCGAAACGCGTTCATTTGACATCATGACTATAGACGCAAAAGAGCAAATAACATTTCTTCACAACGCTTGATATTTTGTCTTATCGTCTGATATTTTCTTTTTCTTAATCAGAATCACAAAACAAAAATCATGATTAACTATTTGATGGTATTAGATTAGTTATTTACTAAGATTGTTGGTGTTTGTAATCAAAAACCACTCAGGAGTCTGATATGGATGCCCTTAGCAGTTTGTTGATGCTTAACGCTCCACAAGGAACGATCGATAAGAATTGCGTGTTAGGAAATGACTGGCAGCt > 2:246938/1‑300 (MQ=255) 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atcgatAAGAATTGCGTGTTAGGAAATGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGAGATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCATCGCCTGAGTCATGTCGATAATGAATCGACCTGTATTGTCTGCGGCACTCTTCGGTTGCAACATTCGGCGCGTTATTTTTTAACGTCTTTGCCGGAAACGCTGTTTTTAGCACCGGTTAACcac < 1:248220/300‑1 (MQ=255) atAAGANTTGCGTGTTAGGAAATGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATNATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGAGATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCATCGCCTGAGTCATGTCGATAATGAATCGACCTGTATTGTCTGCGGCACTCTTCGGTTGCAACATTCGGCGCGTTATTTTTTAACGTCTTTGCCGGAAACGCTGTTTTTAGCACCGGTTAACCACAGCg < 2:703417/300‑1 (MQ=255) aTTGCGTGTTAGTAAATGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCTGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGTGGAGATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCATCGCCTGAGTCATGTCGATAATGAATCGACCTGTATTGTCTGCGGCACTCTTCGGTTGCAACATTCGGCGCGTTATTTTTTAACGTCTTTGCCGGAAACGCTGTTTTTAGCACCGGTTAACCACAGCGTGGAat < 2:221667/300‑1 (MQ=255) gtgtTAGGAAATGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGAGATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCATCGCCTGAGTCATGTCGATAATGAATCGACCTGTATTGTCTGCGGCACTCTTCGGTTGCAACATTCGGCGCGTTATTTTTTAACGTCTTTGCCGGAAACGCTGTTTTTAGCACCGGTTAACCACAGCGTGGAATATAAc < 2:263197/300‑1 (MQ=255) gtgtTAGGAAATGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGAGATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCATCGCCTGAGTCATGTCGATAATGAATCGACCTGTATTGTCTGCGGCACTCTTCGGTTGCAACATTCGGCGCGTTATTTTTTAACGTCTTTGCCGGAAACGCTGTTTTTAGCACCGGTTAACCACAGCGTGGAATATAAc < 1:68414/300‑1 (MQ=255) tAGGAAATGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGAGATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCATCGCCTGAGTCATGTCGATAATGAATCGACCTGTATTGTCTGCGGCACTCTTCGGTTGCAACATTCGGCGCGTTATTTTTTAACGTCTTTGCCGGAAACGCTGTTTTTAGCACCGGTTAACCACAGCGTGGAATATAACTGGc < 1:224739/300‑1 (MQ=255) | GTCGAAACGCGTTCATTTGACATCATGACTATAGACGCAAAAGAGCAAATAACATTTCTTCACAACGCTTGATATTTTGTCTTATCGTCTGATATTTTCTTTTTCTTAATCAGAATCACAAAACAAAAATCATGATTAACTATTTGATGGTATTAGATTAGTTATTTACTAAGATTGTTGGTGTTTGTAATCAAAAACCACTCAGGAGTCTGATATGGATGCCCTTAGCCGTTTGTTGATGCTTAACGCTCCACAAGGAACGATCGATAAGAATTGCGTGTTAGGAAGTGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGAGATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCATCGCCTGAGTCATGTCGATAATGAATCGACCTGTATTGTCTGCGGCACTCTTCGGTTGCAACATTCGGCGCGTTATTTTTTAACGTCTTTGCCGGAAACGCTGTTTTTAGCACCGGTTAACCACAGCGTGGAATATAACTGGC > NC_000913/320013‑320593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |