New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 696505 | 89 (0.830) | 3 (0.030) | 3/538 | 9.8 | 3.9% | intergenic (‑1/+37) | glnX/glnV | tRNA‑Gln/tRNA‑Gln |
? | NC_000913 | 696832 = | 68 (0.710) | intergenic (‑2/+33) | glnW/glnU | tRNA‑Gln/tRNA‑Gln | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCA‑GGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCATCCGTACAACGCTTTCTGGTGAATGGTGCGGGAGGCGAGACTTGAACTCGCACACCTTGCGGCGCCAGAACCTAAATCTGGTGCGTCTACCAATTTCGCCACTCCCGCAAAAAAAGATGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTAC > NC_000913/696536‑697127 | atcaaTTGGCTTGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGCATCAGAATCCGGTGTCTTACCGCGTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTGTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATGCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTTGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAAc < 2:240446/297‑1 (MQ=39) aTAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGGACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAAc < 1:359509/300‑1 (MQ=255) aTAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAAc < 1:360935/300‑1 (MQ=255) aTAAATTGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCGTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAAc < 2:825762/300‑1 (MQ=255) tGGCTGGGGTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCg > 1:338652/1‑300 (MQ=255) ggggTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑aa > 1:101218/1‑300 (MQ=255) gggTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTTGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCAAGATTGTTTCTTAG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGTCGGTATCAAAAACAGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAAACGAGCGGTG‑AAc > 2:322992/1‑300 (MQ=255) gggTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AAc > 1:140796/1‑300 (MQ=255) gggTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTAG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTAGACCCAGGGAATGCAGATATCAAAAACCGGTGCCCTACCGCTCGGCGATACACCAATGACCgagagataaac > 2:288969/1‑290 (MQ=38) gTACGAGGATTCGAACCTCGGAATGCCGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAAAAAATTGGTTTTGAATTTGCCGCACATATTCGATACATTCGGAATTTGGTGGCTACGAAGGGATTCGAACCTGTGCCCCCATCATTACGAGTAATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCAAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATAACCCAATAACAGGACGGTG‑AACCg > 1:159495/1‑300 (MQ=38) 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gCCGGAATCAGAATCCGGTGTCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGGGTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTTGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATNAGTGATGTGCTTTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTGCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTgggg < 2:190203/300‑1 (MQ=255) ccGGAATCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATGTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGt < 2:415644/300‑1 (MQ=255) ccGGAAGCAGCATCCGGTGCCTTCCCGCTTTTCGATACCCCAACAAATTGTTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTGCGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTGCT‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGt < 2:642577/300‑1 (MQ=39) aaTCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCt < 1:844261/300‑1 (MQ=255) aTCAGAAGCCGGTGCCTTACCGCTTGTCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGATTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTg < 2:164187/300‑1 (MQ=255) tCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTAG‑ATGGCTGGGGCACCTGGATTCGAACCAGGGCATGCCGGTATCAACACAAGGTACCCTCCTGCTTAGCGACACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AATAGCTTACTTGAGAAAAATGGATGGGGTCCCTgg > 2:240360/1‑300 (MQ=25) tCAGAATCCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTGTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACTGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTACTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTgg < 1:225099/300‑1 (MQ=255) aaTCCGGTGCCTTACCGCTTTGCGATACCCCAACAAAGTGGTTTTGAATTTGCCTAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTGGATTc < 2:402184/300‑1 (MQ=255) cGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCGGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCCTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAAc < 1:380974/300‑1 (MQ=255) 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ccccAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTCCA‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTCCCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGCAGAAAGTGGCTGGGGTACCTAGATTCGAAACA‑TAGAATGCCGGTATCAAAAAc > 1:557164/1‑300 (MQ=38) ccccAACAAATTGGTTTTGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTCAA‑ATGGCTGGGGTAACTGGATTCGAAACAGGGCATGCCGGTATCAAAAACAGGTGCCTTCCCTCTTGGCGATACCCCAATCACCGGGGGGTG‑AACCGTTTCCTCGGAGAAGATGGCTGGGATAACTCGATTC‑ACCCAAGGGAATGCCGGTATCaacaac > 1:83973/1‑300 (MQ=25) ttttGAATTTGCCGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGCGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCA‑GGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGc < 2:475510/300‑1 (MQ=255) cGAACATATTCGATACATTCAGAATTTGGTGGCTACGACGGGATTCGAACCTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCA‑GGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATAccc < 1:468654/300‑1 (MQ=255) aaatTCGATACATTAAGAATTGGGTGGCGACGACAGGATTCGAACCTGCGACCCCAGCATTATGAGTGATGGGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTGCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCGGGATTCGAACCAGGGGATGCCGGTATCAAAAACTGGTGTCTTACCGTTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGGG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCA‑GGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCATcc < 1:362991/298‑1 (MQ=38) aCATGCNGAATGTGGTGGCTACGACGAGACGCGAAACTGTGACCCCATCACTATNGGTGAGATGCACCAACTAACGGAGCTATGTAGCCAGGGTGTTGCTTCGGATG‑CTGGGGTGCCGGGATTCAAACCAGGGAATGACGGGAGCAAAAACCGGGGTCGGAACGGGGGGAGAGAACACAAGAACCGGGCGGGA‑AACCGCGGGCTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACTGGGATTCGAACCA‑GGGAATGCCGGGATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCATCCGTACAACGc < 2:708135/300‑1 (MQ=255) 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tggtggCTACGACAGGATTCGAACCCGTGACCTCATCAGTATGAGTGATGTGATCTAACCAACTGAGCTACGTGGCCAGGTTGTTGCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCGGGATTCGAACCA‑TGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCATCCGTACAACGCTTTCTGGTGAAt < 2:453264/300‑1 (MQ=38) gctacagcgtgaatcgagcccgcgACCCCATCATTATTAGTGATGCACCCTAACCAACCGAGCTACGTGGCCATATTTTTTCTGCG‑GTGGCTGGGGTACCGGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCA‑GGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCATCCGTACAACGCTTTCTGGTGAATGGTGc < 1:18225/277‑1 (MQ=37) ccTGTGACCCCATCATTATGAGTGATGTGCTCTAACCAACTGAGCTACGTAGCCAGATTGTTTCTTCG‑ATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCAGGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCAATAACCGGGCGGTG‑AACCGCTTACTCGAAGAAGATGGCTGGGGTACCTGGATTCGAACCA‑GGGAATGCCGGTATCAAAAACCGGTGCCTTACCGCTTGGCGATACCCCATCCGTACAACGCTTTCTGGTGAATGGTGCGGGAGGCGAGACTTGAAc > 1:273482/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |