| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,102,944 | Δ1,424 bp | IS5‑mediated | [wbbL]–[wbbK] | [wbbL], [wbbK] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101931–2102948 | 2104367 | 1420–2437 | 40 [35] | [0] 157 | [insH7]–[wbbK] | [insH7],wbbL,[wbbK] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2104368 = | 0 (0.000) | 157 (1.470) | 93/598 | 0.0 | 100% | coding (142/1119 nt) | wbbK | putative glycosyltransferase WbbK |
| ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGATAACTTTCTTTTAACTCTTTAGCAGAATGGACTAATGCGATAAAACTGACATTTTCTTTATTATTAGTTGCTGCCAAAAATTTTTTCAAAATGGTAAATGGACCGCCAGTGGTAAAATTGACCGCAGAAACAACGACTATGCTTTTTCCCATAATTTGGTCTCATGATTGTATTTCTTTATGATTTTTGCTGGTACTCCCGCAATGACAGTATTTTCGGGAATAGAACCTCTAACAACAGAATTGGCGCCGACTACGACTCCATTACCAATAATTGTTCCAGGCAAAACCGTCACATTCTCACCCAAC > NC_000913/2104073‑2104665 | gcgccatcgctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcgtggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttcnaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgctggacaagaaaatctcttttctggtctnacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaatcctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAAc > 2:680151‑M1/296‑300 (MQ=255)gcgccatcgctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcnggacaagaaaatctcttttctggtctnacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaatcctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAAc > 2:573307‑M1/296‑300 (MQ=255) cgccatcgctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAAct > 1:316817‑M1/295‑300 (MQ=255) tcgctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctaatatcagggacttgttcgcaccttccTTAACTctttc < 2:825437‑M1/11‑2 (MQ=255) 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catatcagggacttgttcgcaccttccTTAACTCTTTAGCAGAATGGACTAATGCGATAAAACTGACATTTTCTTTATTATTAGTTGCTGCCAAAAATTTTTTCAAAATGGTAAATGGACCGCCAGTGGTAAAATTGACCGCAGAAACAACGACTATGCTTTTTCCCATAATTTGGTCTCATGATTGTATTTCTTTATGATTTTTGCTGGTACTCCCGCAATGACAGTATTTTCGGGAATAGAACCTCTAACAACAGAATTGGCGCCGACTACGACTCCATTACCAATAATTGTTCCAgg < 1:89162‑M1/273‑1 (MQ=255) tcagggacttgttcgcaccttccTTAACTCTTTAGCAGAATGGACTAATGCGATAAAACTGACATTTTCTTTATTATTAGTTGCTGCCAAAAATTTTTTCAAAATGGTAAATGGACCGCCAGTGGTAAAATTGACCGCAGAAACAACGACTATGCTTTTTCCCATAATTTGGTCTCATGATTGTATTTCTTTATGATTTTTGCTGGTACTCCCGCAATGACAGTATTTTCGGGAATAGAACCTCTAACAACAGAATTGGCGCCGACTACGAATCCATTACCAATAATTGTTCCAGGCaaa < 2:403357‑M1/277‑1 (MQ=255) tgttcgcaccttccTTAACTCTTTAGCAGAATGGACTAATGCGATAAAACTGACATTTTCTTTATTATTAGTTGCTGCCAAAAATTTTTTCAAAATGGTAAATGGACCGCCAGTGGTAAAATTGACCGCAGAAACAACGACTATGCTTTTTCCCATAATTTGGTCTCATGATTGTATTTCTTTATGATTTTTGCTGGTACTCCCGCAATGACAGTATTTTCGGGAATAGAACCTCTAACAACAGAATTGGCGCCGACTACGACTCCATTACCAATAATTGTTCCAGGCAAAACCGTcaca > 2:230453‑M1/15‑300 (MQ=255) 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TTTTTAATGTTTATTTTATATATCAGCCCGTATAGCATTTTAAATAAGAAAAAGCTAGGCTCCATAAGAATTTCACGGAATAAAATTCCTTTATAAAAAGGTGCAGGGTTATGACAATACACATATCTTTTTTTAGTGACGACATTGGCCGTAATATCATGCAGACAAATCCAATGCGTAGCATTCAGCTCTTTTGAAAGTTTTTTACAAACTACATATTCAAAGTGCAAACGTTTTAGCCACGACCCTTTAACCTCAGGAAACTCAATGAATTTAACCCATGGATAACTTTCTTTTAACTCTTTAGCAGAATGGACTAATGCGATAAAACTGACATTTTCTTTATTATTAGTTGCTGCCAAAAATTTTTTCAAAATGGTAAATGGACCGCCAGTGGTAAAATTGACCGCAGAAACAACGACTATGCTTTTTCCCATAATTTGGTCTCATGATTGTATTTCTTTATGATTTTTGCTGGTACTCCCGCAATGACAGTATTTTCGGGAATAGAACCTCTAACAACAGAATTGGCGCCGACTACGACTCCATTACCAATAATTGTTCCAGGCAAAACCGTCACATTCTCACCCAAC > NC_000913/2104073‑2104665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |